Estimate Purity.
estimate_purity.RdAnnotate a MAF with segmented absolute copy number data and added additional columns (VAF, Ploidy and Final_purity).
estimate_purity(
in_maf,
maf_df,
in_seg,
this_sample_id,
this_seq_type = "genome",
seg_file_source = "battenberg",
show_plots = FALSE,
assume_diploid = FALSE,
coding_only = FALSE,
genes
)Arguments
- in_maf
Path to a local maf file.
- maf_df
Optional. Instead of using the path to a maf file, use a local dataframe as the maf file.
- in_seg
Path to a local corresponding seg file for the same sample ID as the input maf.
- this_sample_id
Specify the sample_id or any other string you want embedded in the file name.
- this_seq_type
Seq type for returned CN segments. One of "genome" (default) or "capture".
- seg_file_source
Specify what copy number calling program the input seg file is from, as it handles ichorCNA differently than WisecondorX, battenberg, etc.
- show_plots
Optional. Show two faceted plots that display the VAF and purity distributions for each copy number state in the sample. Default is FALSE.
- assume_diploid
Optional. If no local seg file is provided, instead of defaulting to a GAMBL sample, this parameter annotates every mutation as copy neutral. Default is FALSE.
- coding_only
Optional. set to TRUE to restrict to only coding variants. Default is FALSE.
- genes
Genes of interest.
Value
A list containing a data frame (MAF-like format) with the segmented absolute copy number data and three extra columns: VAF is the variant allele frequency calculated from the t_ref_count and t_alt_count Ploidy is the number of copies of an allele in the tumour cell Final_purity is the finalized purity estimation per mutation after considering different copy number states and LOH events.
Details
This function takes a sample ID with the this_sample_id parameter and calls assign_cn_to_ssm to get CN information.
The user can also use an already loaded maf file with maf_df. In addition, a path to the maf/seq file of interest can also be passed to this function with
in_maf and in_seg. To visualize VAF and purity distributions, set the show_plots to TRUE (default is FALSE).
For more information on how to run this function with the parameters at hand, refer to the parameter descriptions and function examples.
Examples
#load a maf
this_maf = get_ssm_by_sample(this_sample_id = "HTMCP-01-06-00422-01A-01D",
this_seq_type = "genome")
#estimate purity based on an already loaded maf object
estimate_purity(maf_df = this_maf,
show_plots = TRUE)
#> [1] "WARNING: A seg file was not provided! Annotating all mutation calls as copy neutral"
#> $VAF_plot
#> `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
#>
#> $Purity_plot
#> `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
#>
#> $sample_purity_estimation
#> [1] 0.4471171
#>
#> $CN_final
#> Hugo_Symbol Chrom_pos Chromosome Start_Position End_Position
#> 1 TTLL10 1:1114072 1 1114072 1114072
#> 2 ACAP3 1:1228897 1 1228897 1228897
#> 3 PRDM16 1:3152295 1 3152295 3152295
#> 4 Unknown 1:4047201 1 4047201 4047201
#> 5 Unknown 1:4413966 1 4413966 4413966
#> 6 Unknown 1:4501740 1 4501740 4501740
#> 7 Unknown 1:5425504 1 5425504 5425504
#> 8 Unknown 1:5788256 1 5788256 5788256
#> 9 NPHP4 1:5970348 1 5970348 5970348
#> 10 CAMTA1 1:7549634 1 7549634 7549634
#> 11 RERE 1:8784688 1 8784688 8784688
#> 12 RERE 1:8784690 1 8784690 8784706
#> 13 Unknown 1:8914942 1 8914942 8914942
#> 14 RP13-392I16.1 1:9564198 1 9564198 9564198
#> 15 EXOSC10 1:11135465 1 11135465 11135465
#> 16 VPS13D 1:12543210 1 12543210 12543210
#> 17 Unknown 1:14323466 1 14323466 14323466
#> 18 Unknown 1:14331526 1 14331526 14331526
#> 19 Unknown 1:14728614 1 14728614 14728614
#> 20 KAZN 1:15226184 1 15226184 15226184
#> 21 KAZN 1:15315823 1 15315823 15315823
#> 22 PADI4 1:17687332 1 17687332 17687332
#> 23 Unknown 1:17838996 1 17838996 17838996
#> 24 Unknown 1:18291400 1 18291400 18291400
#> 25 IGSF21 1:18433948 1 18433948 18433948
#> 26 IGSF21 1:18676776 1 18676776 18676776
#> 27 ENSR00001579114 1:19291717 1 19291717 19291717
#> 28 MINOS1 1:19921714 1 19921714 19921714
#> 29 HP1BP3 1:21117632 1 21117632 21117632
#> 30 RAP1GAP 1:21988253 1 21988253 21988253
#> 31 Unknown 1:26408450 1 26408450 26408450
#> 32 ZNF683 1:26696836 1 26696836 26696836
#> 33 PIGV 1:27117357 1 27117357 27117357
#> 34 PPP1R8 1:28181906 1 28181906 28181906
#> 35 Unknown 1:29832194 1 29832194 29832194
#> 36 Unknown 1:31060599 1 31060599 31060599
#> 37 Unknown 1:31121775 1 31121775 31121775
#> 38 SDC3 1:31339197 1 31339197 31339197
#> 39 Unknown 1:31935168 1 31935168 31935168
#> 40 SPOCD1 1:32265251 1 32265251 32265251
#> 41 RP11-84A19.4 1:32350005 1 32350005 32350005
#> 42 Unknown 1:33970315 1 33970315 33970315
#> 43 CSMD2 1:34017910 1 34017910 34017910
#> 44 CSMD2 1:34223966 1 34223966 34223966
#> 45 AGO3 1:36423078 1 36423078 36423078
#> 46 Unknown 1:37022782 1 37022782 37022782
#> 47 Unknown 1:37993967 1 37993967 37993967
#> 48 INPP5B 1:38416318 1 38416318 38416318
#> 49 MACF1 1:39545839 1 39545839 39545839
#> 50 KCNQ4 1:41286166 1 41286166 41286166
#> 51 HIVEP3 1:42201533 1 42201533 42201533
#> 52 Unknown 1:42594910 1 42594910 42594910
#> 53 Unknown 1:43953861 1 43953861 43953861
#> 54 RNF220 1:45050292 1 45050292 45050292
#> 55 ZSWIM5 1:45657178 1 45657178 45657178
#> 56 POMGNT1 1:46681699 1 46681699 46681699
#> 57 MKNK1 1:47043611 1 47043611 47043611
#> 58 ATPAF1 1:47131926 1 47131926 47131926
#> 59 Unknown 1:47195243 1 47195243 47195243
#> 60 Unknown 1:47938338 1 47938338 47938338
#> 61 SKINTL 1:48603961 1 48603961 48603961
#> 62 AGBL4 1:50362667 1 50362667 50362667
#> 63 FAF1 1:50925242 1 50925242 50925242
#> 64 FAF1 1:51105495 1 51105495 51105495
#> 65 CALR4P 1:52038608 1 52038608 52038608
#> 66 ZYG11A 1:53306727 1 53306727 53306727
#> 67 CYB5RL 1:54646114 1 54646114 54646114
#> 68 Unknown 1:54907777 1 54907777 54907777
#> 69 Unknown 1:56365643 1 56365643 56365643
#> 70 RP11-393I23.4 1:58550657 1 58550657 58550657
#> 71 DAB1 1:58587493 1 58587493 58587493
#> 72 DAB1 1:58664534 1 58664534 58664534
#> 73 Unknown 1:60791634 1 60791634 60791634
#> 74 INADL 1:62380515 1 62380515 62380515
#> 75 DOCK7 1:63084997 1 63084997 63084997
#> 76 RP11-5P4.2 1:63495858 1 63495858 63495858
#> 77 ITGB3BP 1:64043808 1 64043808 64043808
#> 78 UBE2U 1:64725328 1 64725328 64725328
#> 79 Unknown 1:67928618 1 67928618 67928618
#> 80 Unknown 1:68728818 1 68728818 68728818
#> 81 Unknown 1:68931079 1 68931079 68931079
#> 82 Unknown 1:69247040 1 69247040 69247040
#> 83 Unknown 1:69272740 1 69272740 69272740
#> 84 Unknown 1:69401231 1 69401231 69401231
#> 85 Unknown 1:69406803 1 69406803 69406803
#> 86 Unknown 1:69839712 1 69839712 69839712
#> 87 ZRANB2-AS2 1:71658321 1 71658321 71658321
#> 88 NEGR1 1:71967939 1 71967939 71967939
#> 89 NEGR1 1:71967949 1 71967949 71967949
#> 90 NEGR1 1:72201653 1 72201653 72201653
#> 91 NEGR1 1:72499820 1 72499820 72499820
#> 92 NEGR1 1:72568082 1 72568082 72568082
#> 93 RP4-660H19.1 1:73335200 1 73335200 73335200
#> 94 RP4-598G3.1 1:73823671 1 73823671 73823671
#> 95 Unknown 1:73878904 1 73878904 73878913
#> 96 LRRIQ3 1:74489187 1 74489187 74489187
#> 97 TNNI3K 1:74929408 1 74929408 74929408
#> 98 LRRC53 1:74959083 1 74959083 74959083
#> 99 Unknown 1:75296628 1 75296628 75296628
#> 100 Unknown 1:75334717 1 75334717 75334717
#> 101 Unknown 1:75418254 1 75418254 75418254
#> 102 MSH4 1:76281387 1 76281387 76281387
#> 103 AK5 1:77949131 1 77949131 77949131
#> 104 ENSR00000539381 1:78620924 1 78620924 78620924
#> 105 Unknown 1:78677626 1 78677626 78677626
#> 106 Unknown 1:79247413 1 79247413 79247413
#> 107 Unknown 1:79259034 1 79259034 79259034
#> 108 Unknown 1:79711905 1 79711905 79711905
#> 109 Unknown 1:79717804 1 79717804 79717804
#> 110 Unknown 1:80220310 1 80220310 80220310
#> 111 Unknown 1:80335769 1 80335769 80335769
#> 112 Unknown 1:80368432 1 80368432 80368432
#> 113 RP11-339A11.1 1:80554628 1 80554628 80554628
#> 114 Unknown 1:80653142 1 80653142 80653142
#> 115 HMGB1P18 1:80745407 1 80745407 80745407
#> 116 ENSR00000539596 1:81623420 1 81623420 81623445
#> 117 LPHN2 1:81771203 1 81771203 81771203
#> 118 LPHN2 1:81902112 1 81902112 81902112
#> 119 Unknown 1:82559069 1 82559069 82559069
#> 120 Unknown 1:82582645 1 82582645 82582645
#> 121 Unknown 1:83089184 1 83089184 83089184
#> 122 Unknown 1:83142399 1 83142399 83142399
#> 123 RP4-601K24.1 1:83548602 1 83548602 83548602
#> 124 Unknown 1:83641444 1 83641444 83641444
#> 125 Unknown 1:85082968 1 85082968 85082968
#> 126 LPAR3 1:85315342 1 85315342 85315342
#> 127 RP4-651E10.4 1:87103687 1 87103687 87103687
#> 128 Unknown 1:88111980 1 88111980 88111980
#> 129 Unknown 1:88489938 1 88489938 88489938
#> 130 Unknown 1:88816495 1 88816495 88816495
#> 131 Unknown 1:90781971 1 90781971 90781971
#> 132 Unknown 1:91145789 1 91145789 91145789
#> 133 Unknown 1:91225705 1 91225705 91225705
#> 134 BCAR3 1:94063819 1 94063819 94063819
#> 135 RP11-286B14.1 1:95971587 1 95971587 95971587
#> 136 Unknown 1:96279947 1 96279947 96279947
#> 137 RP5-898J17.1 1:96725273 1 96725273 96725273
#> 138 DPYD 1:98087658 1 98087658 98087658
#> 139 Unknown 1:98527889 1 98527889 98527889
#> 140 Unknown 1:99005604 1 99005604 99005604
#> 141 Unknown 1:99300944 1 99300944 99300944
#> 142 RP5-896L10.1 1:99587933 1 99587933 99587933
#> 143 Unknown 1:99917820 1 99917820 99917820
#> 144 DPH5 1:101475140 1 101475140 101475140
#> 145 RP11-421L21.3 1:101509465 1 101509465 101509465
#> 146 RP11-421L21.3 1:101509483 1 101509483 101509483
#> 147 RP11-421L21.3 1:101510852 1 101510852 101510852
#> 148 ENSR00001588509 1:101682676 1 101682676 101682678
#> 149 RP11-411H5.1 1:102195610 1 102195610 102195610
#> 150 OLFM3 1:102424804 1 102424804 102424804
#> 151 Unknown 1:103162551 1 103162551 103162551
#> 152 Unknown 1:103190564 1 103190564 103190564
#> 153 Unknown 1:103202020 1 103202020 103202020
#> 154 RP11-153F1.1 1:104026681 1 104026681 104026681
#> 155 Unknown 1:104583708 1 104583708 104583708
#> 156 Unknown 1:104733917 1 104733917 104733917
#> 157 Unknown 1:104923941 1 104923941 104923941
#> 158 Unknown 1:105061565 1 105061565 105061565
#> 159 Unknown 1:105149427 1 105149427 105149427
#> 160 Unknown 1:105385529 1 105385529 105385529
#> 161 Unknown 1:105942423 1 105942423 105942423
#> 162 Unknown 1:106416710 1 106416710 106416710
#> 163 Unknown 1:106936553 1 106936553 106936553
#> 164 RP11-478L17.1 1:107089288 1 107089288 107089288
#> 165 AL390036.1 1:108557305 1 108557305 108557305
#> 166 RP11-356N1.2 1:108621100 1 108621100 108621100
#> 167 ENSR00001589110 1:110666253 1 110666253 110666253
#> 168 CHI3L2 1:111769973 1 111769973 111769973
#> 169 RP5-965F6.2 1:112788087 1 112788087 112788088
#> 170 snoU13 1:112914536 1 112914536 112914536
#> 171 CTTNBP2NL 1:112951374 1 112951374 112951374
#> 172 ENSR00000543151 1:115951831 1 115951831 115951831
#> 173 ENSR00000543151 1:115952023 1 115952023 115952023
#> 174 Unknown 1:115952633 1 115952633 115952633
#> 175 Unknown 1:118176484 1 118176484 118176484
#> 176 ENSR00001590209 1:118213799 1 118213799 118213799
#> 177 GDAP2 1:118443111 1 118443111 118443111
#> 178 SPAG17 1:118691432 1 118691432 118691432
#> 179 HSD3B1 1:120061743 1 120061743 120061743
#> 180 RNF115 1:145664251 1 145664251 145664251
#> 181 RNF115 1:145664823 1 145664823 145664834
#> 182 NBPF13P 1:146594807 1 146594807 146594807
#> 183 Unknown 1:146867820 1 146867820 146867820
#> 184 HIST2H2AC 1:149858954 1 149858954 149858954
#> 185 ENSR00000285690 1:150165315 1 150165315 150165315
#> 186 FLG 1:152293199 1 152293199 152293199
#> 187 LCE6A 1:152819154 1 152819154 152819154
#> 188 INSRR 1:156823069 1 156823069 156823069
#> 189 Unknown 1:159472229 1 159472229 159472229
#> 190 Unknown 1:159600200 1 159600200 159600200
#> 191 Unknown 1:159629761 1 159629761 159629761
#> 192 FCRLA 1:161677403 1 161677403 161677407
#> 193 SH2D1B 1:162360957 1 162360957 162360957
#> 194 Unknown 1:163543178 1 163543178 163543178
#> 195 ENSR00000546743 1:163843411 1 163843411 163843413
#> 196 ENSR00001525494 1:163851724 1 163851724 163851724
#> 197 PBX1 1:164724832 1 164724832 164724832
#> 198 LMX1A 1:165279369 1 165279369 165279369
#> 199 Unknown 1:168817856 1 168817856 168817856
#> 200 Unknown 1:170294271 1 170294271 170294271
#> 201 Unknown 1:170412993 1 170412993 170412993
#> 202 RP5-1092L12.2 1:171049616 1 171049616 171049616
#> 203 CYCSP53 1:171418921 1 171418921 171418921
#> 204 RP1-15D23.2 1:172781009 1 172781009 172781009
#> 205 RP1-15D23.2 1:172994673 1 172994673 172994673
#> 206 PAPPA2 1:176531779 1 176531779 176531779
#> 207 RP1-35C21.2 1:177368852 1 177368852 177368852
#> 208 RP1-35C21.2 1:177404566 1 177404566 177404566
#> 209 RP11-568K15.1 1:177976678 1 177976678 177976678
#> 210 RP11-568K15.1 1:177976680 1 177976680 177976680
#> 211 ENSR00000548351 1:178608097 1 178608097 178608097
#> 212 RP11-12M5.4 1:179799444 1 179799444 179799444
#> 213 CACNA1E 1:181659132 1 181659132 181659132
#> 214 Unknown 1:182289113 1 182289113 182289113
#> 215 SWT1 1:185236477 1 185236477 185236477
#> 216 Unknown 1:187789282 1 187789282 187789282
#> 217 Unknown 1:187823187 1 187823187 187823187
#> 218 Unknown 1:187916721 1 187916721 187916721
#> 219 Unknown 1:187957998 1 187957998 187957998
#> 220 Unknown 1:188405825 1 188405825 188405825
#> 221 LINC01035 1:188899518 1 188899518 188899518
#> 222 Unknown 1:189410625 1 189410625 189410625
#> 223 Unknown 1:189448825 1 189448825 189448825
#> 224 ENSR00001527013 1:189586155 1 189586155 189586155
#> 225 Unknown 1:189676535 1 189676535 189676535
#> 226 Unknown 1:189929491 1 189929491 189929491
#> 227 Unknown 1:190058991 1 190058991 190058991
#> 228 Unknown 1:190920609 1 190920609 190920609
#> 229 Unknown 1:191241917 1 191241917 191241917
#> 230 Unknown 1:191394290 1 191394290 191394290
#> 231 ENSR00000287908 1:191792375 1 191792375 191792375
#> 232 RP11-541F9.2 1:191852739 1 191852739 191852739
#> 233 Unknown 1:192229141 1 192229141 192229142
#> 234 Unknown 1:193342464 1 193342464 193342464
#> 235 RP11-563D10.1 1:194118142 1 194118142 194118142
#> 236 Unknown 1:194374442 1 194374442 194374442
#> 237 Unknown 1:195137478 1 195137478 195137478
#> 238 Unknown 1:195426115 1 195426115 195426115
#> 239 Unknown 1:195782287 1 195782287 195782287
#> 240 KCNT2 1:196330719 1 196330719 196330719
#> 241 KCNT2 1:196373538 1 196373538 196373538
#> 242 CRB1 1:197269243 1 197269243 197269246
#> 243 Unknown 1:198321772 1 198321772 198321772
#> 244 RP11-16L9.4 1:199038729 1 199038729 199038730
#> 245 Unknown 1:199471275 1 199471275 199471275
#> 246 Unknown 1:199802673 1 199802673 199802673
#> 247 TMEM9 1:201119389 1 201119389 201119389
#> 248 NAV1 1:201651382 1 201651382 201651382
#> 249 Unknown 1:202294435 1 202294435 202294435
#> 250 BTG2 1:203274877 1 203274877 203274877
#> 251 BTG2 1:203274883 1 203274883 203274883
#> 252 BTG2 1:203275560 1 203275560 203275560
#> 253 BTG2 1:203275563 1 203275563 203275563
#> 254 BTG2 1:203275712 1 203275712 203275712
#> 255 BTG2 1:203276040 1 203276040 203276040
#> 256 BTG2 1:203276915 1 203276915 203276915
#> 257 FAIM3 1:207093181 1 207093181 207093181
#> 258 Unknown 1:208150605 1 208150605 208150605
#> 259 Unknown 1:208609200 1 208609200 208609200
#> 260 Unknown 1:209357434 1 209357434 209357434
#> 261 HHAT 1:210503764 1 210503764 210503764
#> 262 KCNH1 1:211065663 1 211065663 211065663
#> 263 TRAF5 1:211503304 1 211503304 211503304
#> 264 PPP2R5A 1:212518112 1 212518112 212518160
#> 265 RPL31P13 1:213597631 1 213597631 213597631
#> 266 PROX1-AS1 1:214035568 1 214035568 214035568
#> 267 PROX1 1:214158090 1 214158090 214158090
#> 268 Unknown 1:214287133 1 214287133 214287133
#> 269 Unknown 1:214318476 1 214318476 214318476
#> 270 PTPN14 1:214682615 1 214682615 214682615
#> 271 USH2A 1:216369879 1 216369879 216369879
#> 272 USH2A 1:216579432 1 216579432 216579432
#> 273 ESRRG 1:216801703 1 216801703 216801705
#> 274 LINC00210 1:218095615 1 218095615 218095615
#> 275 Unknown 1:218177563 1 218177563 218177563
#> 276 Unknown 1:218674605 1 218674605 218674605
#> 277 RP11-191N8.2 1:222006358 1 222006358 222006358
#> 278 RP11-400N13.3 1:222238518 1 222238518 222238518
#> 279 RP11-400N13.1 1:222355739 1 222355739 222355739
#> 280 Unknown 1:225050319 1 225050319 225050319
#> 281 Unknown 1:226227593 1 226227593 226227593
#> 282 PARP1 1:226595909 1 226595909 226595909
#> 283 Unknown 1:228143738 1 228143738 228143738
#> 284 Unknown 1:229111980 1 229111980 229111980
#> 285 Unknown 1:229299252 1 229299252 229299252
#> 286 Unknown 1:229304455 1 229304455 229304455
#> 287 Unknown 1:231447248 1 231447248 231447248
#> 288 Unknown 1:232255826 1 232255826 232255826
#> 289 PCNXL2 1:233198061 1 233198061 233198061
#> 290 KCNK1 1:233795126 1 233795126 233795126
#> 291 GGPS1 1:235491917 1 235491917 235491917
#> 292 MTR 1:237067652 1 237067652 237067652
#> 293 RYR2 1:237449278 1 237449278 237449278
#> 294 ZP4 1:238044992 1 238044992 238044992
#> 295 Unknown 1:238516293 1 238516293 238516293
#> 296 Unknown 1:238580308 1 238580308 238580308
#> 297 Unknown 1:239151492 1 239151492 239151492
#> 298 KIF26B 1:245422074 1 245422074 245422074
#> 299 KIF26B 1:245725161 1 245725161 245725161
#> 300 OR6F1 1:247876471 1 247876471 247876471
#> 301 OR2L13 1:248122352 1 248122352 248122352
#> 302 OR2L13 1:248252019 1 248252019 248252019
#> 303 SH3YL1 2:214211 2 214211 214211
#> 304 SNTG2 2:1046215 2 1046215 1046215
#> 305 SNTG2 2:1280113 2 1280113 1280113
#> 306 MYT1L 2:1881191 2 1881191 1881191
#> 307 Unknown 2:2423956 2 2423956 2423956
#> 308 Unknown 2:5711406 2 5711406 5711406
#> 309 Unknown 2:6220275 2 6220275 6220275
#> 310 Unknown 2:6557656 2 6557656 6557656
#> 311 Unknown 2:7249110 2 7249110 7249110
#> 312 LINC00299 2:8516942 2 8516942 8516942
#> 313 LPIN1 2:11894233 2 11894233 11894233
#> 314 AC096559.1 2:12434172 2 12434172 12434172
#> 315 Unknown 2:13655806 2 13655806 13655806
#> 316 Unknown 2:14644128 2 14644128 14644128
#> 317 Unknown 2:16478047 2 16478047 16478047
#> 318 Unknown 2:17435658 2 17435658 17435658
#> 319 PUM2 2:20446016 2 20446016 20446016
#> 320 C2orf43 2:20966254 2 20966254 20966254
#> 321 AC067959.1 2:22077729 2 22077729 22077729
#> 322 AC068490.2 2:22216304 2 22216304 22216304
#> 323 AC068490.2 2:22547497 2 22547497 22547497
#> 324 Unknown 2:23044015 2 23044015 23044015
#> 325 Unknown 2:23073787 2 23073787 23073787
#> 326 ALK 2:29470202 2 29470202 29470203
#> 327 ALK 2:29659592 2 29659592 29659592
#> 328 Unknown 2:30259816 2 30259816 30259816
#> 329 AL133247.3 2:31875558 2 31875558 31875558
#> 330 LTBP1 2:33262348 2 33262348 33262348
#> 331 AC009499.1 2:34509415 2 34509415 34509415
#> 332 AC012593.1 2:35405237 2 35405237 35405237
#> 333 Unknown 2:35751779 2 35751779 35751779
#> 334 Unknown 2:36338829 2 36338829 36338829
#> 335 ARHGEF33 2:39131026 2 39131026 39131026
#> 336 SLC8A1-AS1 2:40173833 2 40173833 40173833
#> 337 SLC8A1 2:40351922 2 40351922 40351922
#> 338 SLC8A1 2:40394184 2 40394184 40394184
#> 339 Unknown 2:40955465 2 40955465 40955465
#> 340 Unknown 2:41099628 2 41099628 41099628
#> 341 Unknown 2:41192419 2 41192419 41192420
#> 342 AC098824.6 2:43058486 2 43058486 43058486
#> 343 LINC01121 2:45496631 2 45496631 45496631
#> 344 C2orf61 2:47337349 2 47337349 47337349
#> 345 Unknown 2:48142306 2 48142306 48142306
#> 346 Unknown 2:49649829 2 49649829 49649829
#> 347 AC007682.1 2:51755509 2 51755509 51755510
#> 348 AC007682.1 2:51964663 2 51964663 51964663
#> 349 AC007682.1 2:51978267 2 51978267 51978267
#> 350 AC007682.1 2:52024003 2 52024003 52024003
#> 351 AC007682.1 2:52306947 2 52306947 52306947
#> 352 Unknown 2:53346604 2 53346604 53346604
#> 353 PSME4 2:54139805 2 54139805 54139805
#> 354 CCDC88A 2:55635068 2 55635068 55635068
#> 355 RP11-481J13.1 2:56288504 2 56288504 56288504
#> 356 LINC01122 2:59213574 2 59213574 59213574
#> 357 Unknown 2:59383381 2 59383381 59383381
#> 358 RP11-444A22.1 2:59948873 2 59948873 59948873
#> 359 Unknown 2:60568906 2 60568906 60568906
#> 360 BCL11A 2:60779372 2 60779372 60779372
#> 361 KIAA1841 2:61307862 2 61307862 61307862
#> 362 AC016727.3 2:61818144 2 61818144 61818144
#> 363 CCT4 2:62106055 2 62106055 62106055
#> 364 Unknown 2:62666432 2 62666432 62666432
#> 365 AC092155.1 2:62759500 2 62759500 62759500
#> 366 PSAT1P2 2:62777920 2 62777920 62777920
#> 367 ENSR00000591568 2:64501657 2 64501657 64501657
#> 368 AC074391.1 2:66288568 2 66288568 66288568
#> 369 AC074391.1 2:66308795 2 66308795 66308795
#> 370 Unknown 2:67029204 2 67029204 67029204
#> 371 AC078941.1 2:67398985 2 67398985 67398985
#> 372 ENSR00000013746 2:68067986 2 68067986 68067986
#> 373 WDR92 2:68379894 2 68379894 68379894
#> 374 ANTXR1 2:69332078 2 69332078 69332078
#> 375 FIGLA 2:71011065 2 71011065 71011065
#> 376 EXOC6B 2:72490872 2 72490872 72490872
#> 377 ALMS1 2:73631253 2 73631253 73631253
#> 378 TPRKB 2:73963710 2 73963710 73963710
#> 379 Unknown 2:76047044 2 76047044 76047044
#> 380 Unknown 2:76590356 2 76590356 76590356
#> 381 LRRTM4 2:77182723 2 77182723 77182723
#> 382 LRRTM4 2:77558401 2 77558401 77558401
#> 383 LRRTM4 2:77677597 2 77677597 77677597
#> 384 Unknown 2:77977154 2 77977154 77977154
#> 385 AC105399.2 2:78015118 2 78015118 78015118
#> 386 Unknown 2:78041337 2 78041337 78041337
#> 387 Unknown 2:78515302 2 78515302 78515302
#> 388 Unknown 2:78624645 2 78624645 78624645
#> 389 Unknown 2:78720870 2 78720870 78720870
#> 390 ENSR00000676709 2:78900418 2 78900418 78900418
#> 391 Unknown 2:78987994 2 78987994 78987994
#> 392 Unknown 2:79032787 2 79032787 79032787
#> 393 CTNNA2 2:79726999 2 79726999 79726999
#> 394 CTNNA2 2:80188843 2 80188843 80188843
#> 395 CTNNA2 2:80754827 2 80754827 80754827
#> 396 CTNNA2 2:80835537 2 80835537 80835537
#> 397 AC084193.1 2:81007847 2 81007847 81007847
#> 398 Unknown 2:81285239 2 81285239 81285239
#> 399 Unknown 2:81599558 2 81599558 81599558
#> 400 Unknown 2:81628268 2 81628268 81628268
#> 401 Unknown 2:81996827 2 81996827 81996827
#> 402 AC079896.1 2:82218340 2 82218340 82218340
#> 403 AC079896.1 2:82218345 2 82218345 82218345
#> 404 AC079896.1 2:82223449 2 82223449 82223449
#> 405 Unknown 2:82310140 2 82310140 82310140
#> 406 Unknown 2:82622351 2 82622351 82622351
#> 407 AC010105.1 2:82736109 2 82736109 82736109
#> 408 Unknown 2:82897464 2 82897464 82897464
#> 409 Unknown 2:83111707 2 83111707 83111707
#> 410 Unknown 2:83312941 2 83312941 83312941
#> 411 Unknown 2:83440307 2 83440307 83440307
#> 412 Unknown 2:83735456 2 83735456 83735456
#> 413 Unknown 2:84054444 2 84054444 84054444
#> 414 Unknown 2:95435473 2 95435473 95435473
#> 415 DUSP2 2:96809892 2 96809892 96809892
#> 416 INPP4A 2:99059138 2 99059138 99059138
#> 417 AFF3 2:100757910 2 100757910 100757917
#> 418 ENSR00001544749 2:101368077 2 101368077 101368077
#> 419 Unknown 2:103809888 2 103809888 103809888
#> 420 Unknown 2:104090590 2 104090590 104090590
#> 421 Unknown 2:104292165 2 104292165 104292165
#> 422 Unknown 2:104841245 2 104841245 104841245
#> 423 Unknown 2:105242159 2 105242159 105242159
#> 424 Unknown 2:106673304 2 106673304 106673304
#> 425 UXS1 2:106808220 2 106808220 106808220
#> 426 Unknown 2:106951433 2 106951433 106951433
#> 427 Unknown 2:107384809 2 107384809 107384809
#> 428 ST6GAL2 2:107496677 2 107496677 107496677
#> 429 AC096669.2 2:108027636 2 108027636 108027636
#> 430 GACAT1 2:108409109 2 108409109 108409109
#> 431 Unknown 2:108596843 2 108596843 108596843
#> 432 Unknown 2:108596875 2 108596875 108596875
#> 433 SULT1C3 2:108875923 2 108875923 108875923
#> 434 SH3RF3 2:109817612 2 109817612 109817612
#> 435 MERTK 2:112679811 2 112679811 112679811
#> 436 DPP10 2:115919819 2 115919819 115919819
#> 437 DPP10 2:115955476 2 115955476 115955476
#> 438 DPP10 2:116006461 2 116006461 116006471
#> 439 DPP10 2:116481654 2 116481654 116481654
#> 440 Unknown 2:116796278 2 116796278 116796278
#> 441 Unknown 2:116942293 2 116942293 116942293
#> 442 Unknown 2:117020369 2 117020369 117020369
#> 443 Unknown 2:117096314 2 117096314 117096314
#> 444 Unknown 2:117131393 2 117131393 117131393
#> 445 Unknown 2:117181645 2 117181645 117181645
#> 446 Unknown 2:117533342 2 117533342 117533342
#> 447 Unknown 2:117803253 2 117803253 117803253
#> 448 Unknown 2:117864780 2 117864780 117864780
#> 449 Unknown 2:118104627 2 118104627 118104627
#> 450 Unknown 2:118334848 2 118334848 118334848
#> 451 Unknown 2:119368363 2 119368363 119368363
#> 452 Unknown 2:119615864 2 119615864 119615864
#> 453 Unknown 2:119764371 2 119764371 119764371
#> 454 Unknown 2:121417517 2 121417517 121417517
#> 455 Unknown 2:122603193 2 122603193 122603193
#> 456 Unknown 2:123685854 2 123685854 123685854
#> 457 Unknown 2:123816596 2 123816596 123816596
#> 458 Unknown 2:123874476 2 123874476 123874476
#> 459 Unknown 2:124508060 2 124508060 124508060
#> 460 CNTNAP5 2:124813880 2 124813880 124813880
#> 461 Unknown 2:125762409 2 125762409 125762410
#> 462 Unknown 2:125788468 2 125788468 125788468
#> 463 Unknown 2:125828925 2 125828925 125828925
#> 464 Unknown 2:125851087 2 125851087 125851087
#> 465 Unknown 2:126323575 2 126323575 126323575
#> 466 Unknown 2:126350465 2 126350465 126350465
#> 467 Unknown 2:126361628 2 126361628 126361628
#> 468 Unknown 2:126382452 2 126382452 126382452
#> 469 Unknown 2:126442719 2 126442719 126442719
#> 470 Unknown 2:127766297 2 127766297 127766297
#> 471 Unknown 2:129125733 2 129125733 129125733
#> 472 GPR39 2:133246782 2 133246782 133246782
#> 473 NCKAP5 2:134027992 2 134027992 134027992
#> 474 Unknown 2:134593042 2 134593042 134593042
#> 475 CCNT2 2:135690560 2 135690560 135690560
#> 476 HNRNPKP2 2:136961969 2 136961969 136961969
#> 477 Unknown 2:138821997 2 138821997 138821997
#> 478 NXPH2 2:139482652 2 139482652 139482652
#> 479 Unknown 2:140345911 2 140345911 140345911
#> 480 Unknown 2:140504529 2 140504529 140504529
#> 481 Unknown 2:140788063 2 140788063 140788063
#> 482 Unknown 2:140813458 2 140813458 140813458
#> 483 Unknown 2:140825990 2 140825990 140825990
#> 484 LRP1B 2:141046040 2 141046040 141046040
#> 485 LRP1B 2:141509525 2 141509525 141509525
#> 486 LRP1B 2:142078076 2 142078076 142078076
#> 487 LRP1B 2:142206019 2 142206019 142206019
#> 488 Unknown 2:143357019 2 143357019 143357019
#> 489 Unknown 2:144546859 2 144546859 144546859
#> 490 Unknown 2:146869433 2 146869433 146869433
#> 491 MBD5 2:149036378 2 149036378 149036378
#> 492 KIF5C 2:149828098 2 149828098 149828098
#> 493 Unknown 2:150392100 2 150392100 150392100
#> 494 Unknown 2:151709663 2 151709663 151709663
#> 495 Unknown 2:153876234 2 153876234 153876234
#> 496 RPRM 2:154336778 2 154336778 154336778
#> 497 GALNT13 2:155305426 2 155305426 155305426
#> 498 Unknown 2:155815682 2 155815682 155815682
#> 499 Unknown 2:155878422 2 155878422 155878422
#> 500 Unknown 2:156157416 2 156157416 156157416
#> 501 ACVR1 2:158693126 2 158693126 158693126
#> 502 UPP2 2:158855742 2 158855742 158855742
#> 503 BAZ2B 2:160191404 2 160191404 160191405
#> 504 BAZ2B 2:160292505 2 160292505 160292505
#> 505 KCNH7 2:163339793 2 163339793 163339793
#> 506 KCNH7 2:163693132 2 163693132 163693132
#> 507 Unknown 2:163967106 2 163967106 163967106
#> 508 Unknown 2:164411238 2 164411238 164411238
#> 509 SCN2A 2:166124099 2 166124099 166124099
#> 510 SCN2A 2:166180970 2 166180970 166180970
#> 511 CSRNP3 2:166327852 2 166327852 166327852
#> 512 AC010127.3 2:166942931 2 166942931 166942931
#> 513 AC016723.4 2:168779782 2 168779782 168779782
#> 514 UBE2V1P6 2:169968887 2 169968887 169968887
#> 515 METTL5 2:170679766 2 170679766 170679766
#> 516 Unknown 2:173159674 2 173159674 173159674
#> 517 RP11-324L17.1 2:177476603 2 177476603 177476603
#> 518 Unknown 2:181399104 2 181399104 181399104
#> 519 ITGA4 2:182379656 2 182379656 182379656
#> 520 Unknown 2:183427760 2 183427760 183427760
#> 521 Unknown 2:183748174 2 183748174 183748174
#> 522 Unknown 2:184866266 2 184866266 184866266
#> 523 Unknown 2:185023211 2 185023211 185023211
#> 524 Unknown 2:185071735 2 185071735 185071735
#> 525 FSIP2 2:186647052 2 186647052 186647052
#> 526 Unknown 2:186784590 2 186784590 186784590
#> 527 Unknown 2:187022223 2 187022223 187022223
#> 528 ITGAV 2:187484243 2 187484243 187484243
#> 529 CALCRL 2:188231118 2 188231118 188231118
#> 530 LINC01090 2:188587938 2 188587938 188587938
#> 531 LINC01090 2:188663287 2 188663287 188663287
#> 532 GULP1 2:189202276 2 189202276 189202276
#> 533 AC079613.1 2:189541642 2 189541642 189541642
#> 534 ANKAR 2:190550847 2 190550847 190550847
#> 535 C2orf88 2:191022188 2 191022188 191022188
#> 536 Unknown 2:192073352 2 192073352 192073354
#> 537 TMEFF2 2:192887521 2 192887521 192887521
#> 538 TMEFF2 2:192954570 2 192954570 192954570
#> 539 Unknown 2:193954247 2 193954247 193954247
#> 540 Unknown 2:194111032 2 194111032 194111032
#> 541 Unknown 2:194417969 2 194417969 194417969
#> 542 Unknown 2:194839825 2 194839825 194839825
#> 543 Unknown 2:195082956 2 195082956 195082956
#> 544 DNAH7 2:196663624 2 196663624 196663624
#> 545 AC019330.1 2:199531075 2 199531075 199531075
#> 546 Unknown 2:199693993 2 199693993 199693993
#> 547 Unknown 2:200043124 2 200043124 200043124
#> 548 ALS2CR11 2:202480914 2 202480914 202480914
#> 549 ALS2 2:202564280 2 202564280 202564280
#> 550 Unknown 2:202889656 2 202889656 202889656
#> 551 AC009498.1 2:205099214 2 205099214 205099214
#> 552 PARD3B 2:205520281 2 205520281 205520281
#> 553 PARD3B 2:206032506 2 206032506 206032506
#> 554 PARD3B 2:206270665 2 206270665 206270665
#> 555 HNRNPA1P51 2:207280535 2 207280535 207280535
#> 556 CCNYL1 2:208595166 2 208595166 208595166
#> 557 ENSR00001551139 2:208649988 2 208649988 208649988
#> 558 CRYGEP 2:208978089 2 208978089 208978089
#> 559 PTH2R 2:209268597 2 209268597 209268597
#> 560 PTH2R 2:209336696 2 209336696 209336696
#> 561 PTH2R 2:209487152 2 209487152 209487152
#> 562 MAP2 2:210515725 2 210515725 210515725
#> 563 CPS1 2:211496612 2 211496612 211496612
#> 564 Unknown 2:211665187 2 211665187 211665187
#> 565 ERBB4 2:212488881 2 212488881 212488881
#> 566 ERBB4 2:212840926 2 212840926 212840926
#> 567 ERBB4 2:213259023 2 213259023 213259023
#> 568 ERBB4 2:213301284 2 213301284 213301284
#> 569 AC079610.1 2:213596674 2 213596674 213596674
#> 570 AC079610.1 2:213608363 2 213608363 213608363
#> 571 AC079610.1 2:213736031 2 213736031 213736031
#> 572 IKZF2 2:213941598 2 213941598 213941598
#> 573 SPAG16 2:214750425 2 214750425 214750425
#> 574 AC107218.3 2:215544758 2 215544758 215544758
#> 575 LINC00607 2:216629389 2 216629389 216629389
#> 576 MARCH4 2:217232624 2 217232624 217232624
#> 577 AC098820.2 2:217267373 2 217267373 217267373
#> 578 AC007563.5 2:217852805 2 217852805 217852805
#> 579 AC114765.1 2:221063826 2 221063826 221063826
#> 580 AC114765.1 2:221206991 2 221206991 221206991
#> 581 AC067956.1 2:221369474 2 221369474 221369474
#> 582 AC067956.1 2:221369482 2 221369482 221369482
#> 583 AC067956.1 2:221551046 2 221551046 221551046
#> 584 Unknown 2:221936047 2 221936047 221936047
#> 585 Unknown 2:222172297 2 222172297 222172297
#> 586 Unknown 2:222215062 2 222215062 222215062
#> 587 ENSR00001715527 2:222265277 2 222265277 222265277
#> 588 EPHA4 2:222303647 2 222303647 222303647
#> 589 AC079834.1 2:222458134 2 222458134 222458134
#> 590 MOGAT1 2:223550183 2 223550183 223550183
#> 591 KCNE4 2:224043108 2 224043108 224043108
#> 592 Unknown 2:224237058 2 224237058 224237058
#> 593 Unknown 2:225182158 2 225182158 225182158
#> 594 NYAP2 2:226438098 2 226438098 226438098
#> 595 Unknown 2:226951407 2 226951407 226951407
#> 596 Unknown 2:227405974 2 227405974 227405974
#> 597 Unknown 2:229267842 2 229267842 229267842
#> 598 AC009410.1 2:229357962 2 229357962 229357962
#> 599 AC009410.1 2:229406274 2 229406274 229406274
#> 600 PID1 2:229832607 2 229832607 229832607
#> 601 ARMC9 2:232238808 2 232238808 232238808
#> 602 INPP5D 2:233965600 2 233965600 233965600
#> 603 Unknown 2:235633609 2 235633609 235633609
#> 604 AGAP1 2:236941867 2 236941867 236941867
#> 605 AC113618.1 2:239641879 2 239641879 239641879
#> 606 HDAC4 2:240174822 2 240174822 240174822
#> 607 Unknown 2:240447361 2 240447361 240447361
#> 608 Unknown 2:242776518 2 242776518 242776518
#> 609 CHL1 3:327229 3 327229 327229
#> 610 Unknown 3:1799265 3 1799265 1799265
#> 611 Unknown 3:1831099 3 1831099 1831099
#> 612 CNTN4 3:2552893 3 2552893 2552893
#> 613 CNTN4 3:3029421 3 3029421 3029421
#> 614 AC026188.1 3:3468987 3 3468987 3468987
#> 615 Unknown 3:5835834 3 5835834 5835834
#> 616 Unknown 3:6478173 3 6478173 6478173
#> 617 GRM7 3:6859198 3 6859198 6859198
#> 618 GRM7 3:6917171 3 6917171 6917171
#> 619 GRM7 3:6991321 3 6991321 6991321
#> 620 GRM7 3:7201092 3 7201092 7201092
#> 621 GRM7 3:7737633 3 7737633 7737633
#> 622 Unknown 3:10848288 3 10848288 10848288
#> 623 SLC6A1 3:11037883 3 11037883 11037883
#> 624 ENSR00001476539 3:11158507 3 11158507 11158507
#> 625 ATG7 3:11592799 3 11592799 11592799
#> 626 VGLL4 3:11643615 3 11643615 11643615
#> 627 RPL32 3:12882370 3 12882370 12882370
#> 628 WNT7A 3:13903691 3 13903691 13903691
#> 629 C3orf20 3:14799275 3 14799275 14799275
#> 630 OXNAD1 3:16322700 3 16322700 16322700
#> 631 DAZL 3:16685168 3 16685168 16685168
#> 632 TBC1D5 3:18046907 3 18046907 18046907
#> 633 AC144521.1 3:18947298 3 18947298 18947298
#> 634 Unknown 3:19751404 3 19751404 19751404
#> 635 Unknown 3:20333686 3 20333686 20333686
#> 636 Unknown 3:20467221 3 20467221 20467221
#> 637 Unknown 3:21344050 3 21344050 21344050
#> 638 Unknown 3:21391586 3 21391586 21391586
#> 639 ZNF385D 3:21730420 3 21730420 21730420
#> 640 ZNF385D 3:21747628 3 21747628 21747628
#> 641 ZNF385D 3:21830776 3 21830776 21830776
#> 642 ZNF385D 3:21958110 3 21958110 21958115
#> 643 ZNF385D 3:22222758 3 22222758 22222758
#> 644 ZNF385D 3:22288293 3 22288293 22288294
#> 645 Unknown 3:22559006 3 22559006 22559006
#> 646 Unknown 3:22810755 3 22810755 22810755
#> 647 ENSR00001737154 3:23689086 3 23689086 23689086
#> 648 ENSR00001359446 3:24045942 3 24045942 24045942
#> 649 THRB 3:24366941 3 24366941 24366941
#> 650 THRB 3:24436696 3 24436696 24436696
#> 651 AC133680.1 3:25130763 3 25130763 25130763
#> 652 Unknown 3:26031602 3 26031602 26031602
#> 653 Unknown 3:26306558 3 26306558 26306558
#> 654 Unknown 3:26397365 3 26397365 26397365
#> 655 Unknown 3:26475705 3 26475705 26475705
#> 656 Unknown 3:26508896 3 26508896 26508896
#> 657 Unknown 3:26942988 3 26942988 26942988
#> 658 NEK10 3:27162961 3 27162961 27162961
#> 659 NEK10 3:27324389 3 27324389 27324389
#> 660 Unknown 3:28244616 3 28244616 28244616
#> 661 ZCWPW2 3:28444889 3 28444889 28444889
#> 662 Unknown 3:28972642 3 28972642 28972642
#> 663 Unknown 3:29074226 3 29074226 29074226
#> 664 RBMS3 3:29731706 3 29731706 29731706
#> 665 RBMS3 3:29921843 3 29921843 29921843
#> 666 RBMS3 3:30012598 3 30012598 30012598
#> 667 TGFBR2 3:30650535 3 30650535 30650535
#> 668 AC104306.2 3:32553997 3 32553997 32553997
#> 669 Unknown 3:33284376 3 33284376 33284376
#> 670 Unknown 3:33313095 3 33313095 33313095
#> 671 Unknown 3:33965412 3 33965412 33965412
#> 672 AC018359.1 3:34253545 3 34253545 34253545
#> 673 AC018359.1 3:34339722 3 34339722 34339722
#> 674 AC018359.1 3:34466334 3 34466334 34466334
#> 675 Unknown 3:34640209 3 34640209 34640209
#> 676 Unknown 3:34686291 3 34686291 34686291
#> 677 Unknown 3:34712764 3 34712764 34712764
#> 678 Unknown 3:35069783 3 35069783 35069783
#> 679 Unknown 3:35573122 3 35573122 35573122
#> 680 Unknown 3:36272730 3 36272730 36272730
#> 681 GOLGA4 3:37339381 3 37339381 37339381
#> 682 MOBP 3:39543808 3 39543808 39543808
#> 683 Unknown 3:39650101 3 39650101 39650101
#> 684 ENTPD3 3:40474506 3 40474506 40474506
#> 685 RP11-528N21.1 3:40648794 3 40648794 40648794
#> 686 Unknown 3:42391710 3 42391710 42391710
#> 687 ANO10 3:43510069 3 43510069 43510069
#> 688 CDCP1 3:45177407 3 45177407 45177407
#> 689 SLC6A20 3:45803989 3 45803989 45803989
#> 690 ENSR00001478820 3:46166888 3 46166888 46166889
#> 691 SMARCC1 3:47684241 3 47684241 47684241
#> 692 SMARCC1 3:47702636 3 47702636 47702636
#> 693 ZNF589 3:48316150 3 48316150 48316150
#> 694 BSN 3:49626878 3 49626878 49626878
#> 695 DOCK3 3:50880083 3 50880083 50880083
#> 696 DOCK3 3:51321486 3 51321486 51321486
#> 697 Unknown 3:52062223 3 52062223 52062223
#> 698 DNAH1 3:52357578 3 52357578 52357578
#> 699 Unknown 3:54107097 3 54107097 54107097
#> 700 CACNA2D3 3:54544369 3 54544369 54544369
#> 701 CACNA2D3 3:54841378 3 54841378 54841378
#> 702 CACNA2D3 3:55027230 3 55027230 55027230
#> 703 Unknown 3:55195166 3 55195166 55195166
#> 704 RP11-875H7.2 3:55392301 3 55392301 55392301
#> 705 ERC2 3:55597773 3 55597773 55597773
#> 706 Unknown 3:56521482 3 56521482 56521482
#> 707 Unknown 3:56744842 3 56744842 56744842
#> 708 C3orf67 3:58932722 3 58932722 58932722
#> 709 C3orf67 3:58960160 3 58960160 58960160
#> 710 Unknown 3:59295675 3 59295675 59295675
#> 711 FHIT 3:60036543 3 60036543 60036546
#> 712 FHIT 3:60109988 3 60109988 60109988
#> 713 FHIT 3:60701603 3 60701603 60701603
#> 714 Unknown 3:61389814 3 61389814 61389814
#> 715 PTPRG 3:61608735 3 61608735 61608735
#> 716 PTPRG 3:61925780 3 61925780 61925780
#> 717 PTPRG 3:62022653 3 62022653 62022653
#> 718 AC136289.1 3:63791205 3 63791205 63791205
#> 719 PRICKLE2 3:64324378 3 64324378 64324378
#> 720 MAGI1 3:65401976 3 65401976 65401976
#> 721 MAGI1 3:65406424 3 65406424 65406424
#> 722 SLC25A26 3:66286503 3 66286503 66286503
#> 723 RP11-81N13.1 3:67822149 3 67822149 67822149
#> 724 Unknown 3:68024548 3 68024548 68024549
#> 725 FAM19A1 3:68344838 3 68344838 68344838
#> 726 FAM19A1 3:68418026 3 68418026 68418026
#> 727 FAM19A1 3:68439563 3 68439563 68439563
#> 728 FRMD4B 3:69324639 3 69324639 69324639
#> 729 FRMD4B 3:69330924 3 69330924 69330924
#> 730 RP11-62G11.2 3:69610702 3 69610702 69610702
#> 731 MITF 3:69842373 3 69842373 69842373
#> 732 MITF 3:69922293 3 69922293 69922293
#> 733 FOXP1 3:71150016 3 71150016 71150016
#> 734 FOXP1 3:71178979 3 71178979 71178979
#> 735 FOXP1 3:71183947 3 71183947 71183947
#> 736 LINC00877 3:72160564 3 72160564 72160564
#> 737 RYBP 3:72446051 3 72446051 72446051
#> 738 Unknown 3:72609802 3 72609802 72609802
#> 739 PDZRN3 3:73459852 3 73459852 73459852
#> 740 CNTN3 3:74359226 3 74359226 74359226
#> 741 CNTN3 3:74398955 3 74398955 74398955
#> 742 CNTN3 3:74409925 3 74409925 74409925
#> 743 Unknown 3:74657360 3 74657360 74657360
#> 744 Unknown 3:74753744 3 74753744 74753744
#> 745 Unknown 3:74842709 3 74842709 74842709
#> 746 Unknown 3:74862840 3 74862840 74862840
#> 747 Unknown 3:75272964 3 75272964 75272964
#> 748 Unknown 3:75339336 3 75339336 75339336
#> 749 FAM86DP 3:75470357 3 75470357 75470357
#> 750 ROBO2 3:76139752 3 76139752 76139752
#> 751 ROBO2 3:76167920 3 76167920 76167920
#> 752 ROBO2 3:76180479 3 76180479 76180479
#> 753 ROBO2 3:76212324 3 76212324 76212324
#> 754 ROBO2 3:76421841 3 76421841 76421841
#> 755 ROBO2 3:76496065 3 76496065 76496065
#> 756 ROBO2 3:76595721 3 76595721 76595721
#> 757 ROBO2 3:76713958 3 76713958 76713958
#> 758 ROBO2 3:76759381 3 76759381 76759381
#> 759 ROBO2 3:76820290 3 76820290 76820290
#> 760 ROBO2 3:76996001 3 76996001 76996001
#> 761 ROBO2 3:77033537 3 77033537 77033538
#> 762 ROBO2 3:77091452 3 77091452 77091452
#> 763 ROBO2 3:77168424 3 77168424 77168424
#> 764 ROBO2 3:77296013 3 77296013 77296013
#> 765 ROBO2 3:77614639 3 77614639 77614639
#> 766 ROBO2 3:77625008 3 77625008 77625008
#> 767 Unknown 3:78036812 3 78036812 78036812
#> 768 Unknown 3:78262304 3 78262304 78262304
#> 769 Unknown 3:78374366 3 78374366 78374366
#> t_ref_count t_alt_count CN VAF Ploidy Purity CCF_mutation
#> 1 61 33 2 0.35106383 1 0.7021277 0.6820669
#> 2 63 21 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 3 50 19 2 0.27536232 1 0.5507246 0.5349896
#> 4 78 16 2 0.17021277 1 0.3404255 0.3306991
#> 5 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 6 71 16 2 0.18390805 1 0.3678161 0.3573071
#> 7 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 8 59 19 2 0.24358974 1 0.4871795 0.4732601
#> 9 56 18 2 0.24324324 1 0.4864865 0.4725869
#> 10 73 14 2 0.16091954 1 0.3218391 0.3126437
#> 11 43 9 2 0.17307692 1 0.3461538 0.3362637
#> 12 48 9 2 0.15789474 1 0.3157895 0.3067669
#> 13 58 15 2 0.20547945 1 0.4109589 0.3992172
#> 14 60 14 2 0.18918919 1 0.3783784 0.3675676
#> 15 59 23 2 0.28048780 1 0.5609756 0.5449477
#> 16 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 17 62 28 2 0.31111111 1 0.6222222 0.6044444
#> 18 77 17 2 0.18085106 1 0.3617021 0.3513678
#> 19 65 15 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 20 44 18 2 0.29032258 1 0.5806452 0.5640553
#> 21 59 12 2 0.16901408 1 0.3380282 0.3283702
#> 22 50 15 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 23 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 24 63 10 2 0.13698630 1 0.2739726 0.2661448
#> 25 50 15 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 26 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 27 65 20 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 28 80 9 2 0.10112360 1 0.2022472 0.1964687
#> 29 61 18 2 0.22784810 1 0.4556962 0.4426763
#> 30 61 21 2 0.25609756 1 0.5121951 0.4975610
#> 31 53 16 2 0.23188406 1 0.4637681 0.4505176
#> 32 66 18 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 33 64 23 2 0.26436782 1 0.5287356 0.5136289
#> 34 63 15 2 0.19230769 1 0.3846154 0.3736264
#> 35 65 25 2 0.27777778 1 0.5555556 0.5396825
#> 36 61 15 2 0.19736842 1 0.3947368 0.3834586
#> 37 57 18 2 0.24000000 1 0.4800000 0.4662857
#> 38 72 14 2 0.16279070 1 0.3255814 0.3162791
#> 39 62 19 2 0.23456790 1 0.4691358 0.4557319
#> 40 79 20 2 0.20202020 1 0.4040404 0.3924964
#> 41 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 42 75 19 2 0.20212766 1 0.4042553 0.3927052
#> 43 55 17 2 0.23611111 1 0.4722222 0.4587302
#> 44 59 18 2 0.23376623 1 0.4675325 0.4541744
#> 45 63 16 2 0.20253165 1 0.4050633 0.3934901
#> 46 61 27 2 0.30681818 1 0.6136364 0.5961039
#> 47 47 15 2 0.24193548 1 0.4838710 0.4700461
#> 48 45 17 2 0.27419355 1 0.5483871 0.5327189
#> 49 58 19 2 0.24675325 1 0.4935065 0.4794063
#> 50 50 21 2 0.29577465 1 0.5915493 0.5746479
#> 51 60 16 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 52 61 18 2 0.22784810 1 0.4556962 0.4426763
#> 53 47 19 2 0.28787879 1 0.5757576 0.5593074
#> 54 69 14 2 0.16867470 1 0.3373494 0.3277108
#> 55 72 9 2 0.11111111 1 0.2222222 0.2158730
#> 56 30 9 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 57 58 18 2 0.23684211 1 0.4736842 0.4601504
#> 58 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 59 61 22 2 0.26506024 1 0.5301205 0.5149742
#> 60 44 19 2 0.30158730 1 0.6031746 0.5859410
#> 61 49 18 2 0.26865672 1 0.5373134 0.5219616
#> 62 49 13 2 0.20967742 1 0.4193548 0.4073733
#> 63 53 20 2 0.27397260 1 0.5479452 0.5322896
#> 64 49 13 2 0.20967742 1 0.4193548 0.4073733
#> 65 56 20 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 66 71 15 2 0.17441860 1 0.3488372 0.3388704
#> 67 48 19 2 0.28358209 1 0.5671642 0.5509595
#> 68 61 23 2 0.27380952 1 0.5476190 0.5319728
#> 69 63 10 2 0.13698630 1 0.2739726 0.2661448
#> 70 54 23 2 0.29870130 1 0.5974026 0.5803340
#> 71 51 24 2 0.32000000 1 0.6400000 0.6217143
#> 72 66 15 2 0.18518519 1 0.3703704 0.3597884
#> 73 50 10 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 74 37 8 2 0.17777778 1 0.3555556 0.3453968
#> 75 63 14 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 76 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 77 53 17 2 0.24285714 1 0.4857143 0.4718367
#> 78 59 9 2 0.13235294 1 0.2647059 0.2571429
#> 79 39 12 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 80 59 18 2 0.23376623 1 0.4675325 0.4541744
#> 81 64 14 2 0.17948718 1 0.3589744 0.3487179
#> 82 56 13 2 0.18840580 1 0.3768116 0.3660455
#> 83 53 12 2 0.18461538 1 0.3692308 0.3586813
#> 84 54 17 2 0.23943662 1 0.4788732 0.4651911
#> 85 57 22 2 0.27848101 1 0.5569620 0.5410488
#> 86 47 15 2 0.24193548 1 0.4838710 0.4700461
#> 87 48 20 2 0.29411765 1 0.5882353 0.5714286
#> 88 54 9 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 89 54 9 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 90 65 15 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 91 58 12 2 0.17142857 1 0.3428571 0.3330612
#> 92 55 13 2 0.19117647 1 0.3823529 0.3714286
#> 93 44 16 2 0.26666667 1 0.5333333 0.5180952
#> 94 63 20 2 0.24096386 1 0.4819277 0.4681583
#> 95 63 20 2 0.24096386 1 0.4819277 0.4681583
#> 96 55 8 2 0.12698413 1 0.2539683 0.2467120
#> 97 64 16 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 98 49 20 2 0.28985507 1 0.5797101 0.5631470
#> 99 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 100 55 25 2 0.31250000 1 0.6250000 0.6071429
#> 101 68 22 2 0.24444444 1 0.4888889 0.4749206
#> 102 57 11 2 0.16176471 1 0.3235294 0.3142857
#> 103 56 16 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 104 72 15 2 0.17241379 1 0.3448276 0.3349754
#> 105 66 18 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 106 67 14 2 0.17283951 1 0.3456790 0.3358025
#> 107 58 7 2 0.10769231 1 0.2153846 0.2092308
#> 108 53 8 2 0.13114754 1 0.2622951 0.2548009
#> 109 56 18 2 0.24324324 1 0.4864865 0.4725869
#> 110 50 21 2 0.29577465 1 0.5915493 0.5746479
#> 111 59 10 2 0.14492754 1 0.2898551 0.2815735
#> 112 65 17 2 0.20731707 1 0.4146341 0.4027875
#> 113 63 13 2 0.17105263 1 0.3421053 0.3323308
#> 114 55 13 2 0.19117647 1 0.3823529 0.3714286
#> 115 61 13 2 0.17567568 1 0.3513514 0.3413127
#> 116 62 20 2 0.24390244 1 0.4878049 0.4738676
#> 117 65 20 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 118 51 14 2 0.21538462 1 0.4307692 0.4184615
#> 119 69 20 2 0.22471910 1 0.4494382 0.4365971
#> 120 47 13 2 0.21666667 1 0.4333333 0.4209524
#> 121 58 16 2 0.21621622 1 0.4324324 0.4200772
#> 122 55 19 2 0.25675676 1 0.5135135 0.4988417
#> 123 60 13 2 0.17808219 1 0.3561644 0.3459883
#> 124 62 23 2 0.27058824 1 0.5411765 0.5257143
#> 125 61 24 2 0.28235294 1 0.5647059 0.5485714
#> 126 63 12 2 0.16000000 1 0.3200000 0.3108571
#> 127 44 18 2 0.29032258 1 0.5806452 0.5640553
#> 128 54 16 2 0.22857143 1 0.4571429 0.4440816
#> 129 64 21 2 0.24705882 1 0.4941176 0.4800000
#> 130 43 14 2 0.24561404 1 0.4912281 0.4771930
#> 131 68 18 2 0.20930233 1 0.4186047 0.4066445
#> 132 56 21 2 0.27272727 1 0.5454545 0.5298701
#> 133 63 16 2 0.20253165 1 0.4050633 0.3934901
#> 134 57 18 2 0.24000000 1 0.4800000 0.4662857
#> 135 46 10 2 0.17857143 1 0.3571429 0.3469388
#> 136 44 18 2 0.29032258 1 0.5806452 0.5640553
#> 137 51 15 2 0.22727273 1 0.4545455 0.4415584
#> 138 61 17 2 0.21794872 1 0.4358974 0.4234432
#> 139 50 15 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 140 35 21 2 0.37500000 1 0.7500000 0.7285714
#> 141 42 17 2 0.28813559 1 0.5762712 0.5598063
#> 142 40 18 2 0.31034483 1 0.6206897 0.6029557
#> 143 39 21 2 0.35000000 1 0.7000000 0.6800000
#> 144 47 13 2 0.21666667 1 0.4333333 0.4209524
#> 145 46 12 2 0.20689655 1 0.4137931 0.4019704
#> 146 42 13 2 0.23636364 1 0.4727273 0.4592208
#> 147 54 14 2 0.20588235 1 0.4117647 0.4000000
#> 148 58 22 2 0.27500000 1 0.5500000 0.5342857
#> 149 64 14 2 0.17948718 1 0.3589744 0.3487179
#> 150 60 17 2 0.22077922 1 0.4415584 0.4289425
#> 151 41 11 2 0.21153846 1 0.4230769 0.4109890
#> 152 60 16 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 153 70 22 2 0.23913043 1 0.4782609 0.4645963
#> 154 54 17 2 0.23943662 1 0.4788732 0.4651911
#> 155 58 19 2 0.24675325 1 0.4935065 0.4794063
#> 156 58 12 2 0.17142857 1 0.3428571 0.3330612
#> 157 50 15 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 158 55 15 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 159 54 14 2 0.20588235 1 0.4117647 0.4000000
#> 160 72 22 2 0.23404255 1 0.4680851 0.4547112
#> 161 56 15 2 0.21126761 1 0.4225352 0.4104628
#> 162 56 22 2 0.28205128 1 0.5641026 0.5479853
#> 163 70 23 2 0.24731183 1 0.4946237 0.4804916
#> 164 55 24 2 0.30379747 1 0.6075949 0.5902351
#> 165 62 12 2 0.16216216 1 0.3243243 0.3150579
#> 166 54 15 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 167 70 14 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 168 47 21 2 0.30882353 1 0.6176471 0.6000000
#> 169 46 14 2 0.23333333 1 0.4666667 0.4533333
#> 170 75 14 2 0.15730337 1 0.3146067 0.3056180
#> 171 61 22 2 0.26506024 1 0.5301205 0.5149742
#> 172 52 17 2 0.24637681 1 0.4927536 0.4786749
#> 173 51 13 2 0.20312500 1 0.4062500 0.3946429
#> 174 52 12 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 175 70 11 2 0.13580247 1 0.2716049 0.2638448
#> 176 59 16 2 0.21333333 1 0.4266667 0.4144762
#> 177 62 12 2 0.16216216 1 0.3243243 0.3150579
#> 178 51 18 2 0.26086957 1 0.5217391 0.5068323
#> 179 67 16 2 0.19277108 1 0.3855422 0.3745267
#> 180 63 21 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 181 77 13 2 0.14444444 1 0.2888889 0.2806349
#> 182 55 18 2 0.24657534 1 0.4931507 0.4790607
#> 183 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 184 60 16 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 185 57 14 2 0.19718310 1 0.3943662 0.3830986
#> 186 58 13 2 0.18309859 1 0.3661972 0.3557344
#> 187 66 21 2 0.24137931 1 0.4827586 0.4689655
#> 188 62 18 2 0.22500000 1 0.4500000 0.4371429
#> 189 53 21 2 0.28378378 1 0.5675676 0.5513514
#> 190 56 22 2 0.28205128 1 0.5641026 0.5479853
#> 191 61 12 2 0.16438356 1 0.3287671 0.3193738
#> 192 56 19 2 0.25333333 1 0.5066667 0.4921905
#> 193 54 20 2 0.27027027 1 0.5405405 0.5250965
#> 194 51 16 2 0.23880597 1 0.4776119 0.4639659
#> 195 44 20 2 0.31250000 1 0.6250000 0.6071429
#> 196 56 24 2 0.30000000 1 0.6000000 0.5828571
#> 197 66 19 2 0.22352941 1 0.4470588 0.4342857
#> 198 50 20 2 0.28571429 1 0.5714286 0.5551020
#> 199 51 14 2 0.21538462 1 0.4307692 0.4184615
#> 200 75 16 2 0.17582418 1 0.3516484 0.3416013
#> 201 70 21 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 202 58 16 2 0.21621622 1 0.4324324 0.4200772
#> 203 51 18 2 0.26086957 1 0.5217391 0.5068323
#> 204 49 20 2 0.28985507 1 0.5797101 0.5631470
#> 205 58 16 2 0.21621622 1 0.4324324 0.4200772
#> 206 46 18 2 0.28125000 1 0.5625000 0.5464286
#> 207 57 18 2 0.24000000 1 0.4800000 0.4662857
#> 208 65 18 2 0.21686747 1 0.4337349 0.4213425
#> 209 40 25 2 0.38461538 1 0.7692308 0.7472527
#> 210 40 25 2 0.38461538 1 0.7692308 0.7472527
#> 211 55 18 2 0.24657534 1 0.4931507 0.4790607
#> 212 74 18 2 0.19565217 1 0.3913043 0.3801242
#> 213 56 19 2 0.25333333 1 0.5066667 0.4921905
#> 214 59 16 2 0.21333333 1 0.4266667 0.4144762
#> 215 71 14 2 0.16470588 1 0.3294118 0.3200000
#> 216 61 15 2 0.19736842 1 0.3947368 0.3834586
#> 217 46 23 2 0.33333333 1 0.6666667 0.6476190
#> 218 64 19 2 0.22891566 1 0.4578313 0.4447504
#> 219 62 12 2 0.16216216 1 0.3243243 0.3150579
#> 220 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 221 64 12 2 0.15789474 1 0.3157895 0.3067669
#> 222 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 223 53 16 2 0.23188406 1 0.4637681 0.4505176
#> 224 61 16 2 0.20779221 1 0.4155844 0.4037106
#> 225 59 28 2 0.32183908 1 0.6436782 0.6252874
#> 226 65 25 2 0.27777778 1 0.5555556 0.5396825
#> 227 63 10 2 0.13698630 1 0.2739726 0.2661448
#> 228 53 7 2 0.11666667 1 0.2333333 0.2266667
#> 229 50 14 2 0.21875000 1 0.4375000 0.4250000
#> 230 61 16 2 0.20779221 1 0.4155844 0.4037106
#> 231 54 10 2 0.15625000 1 0.3125000 0.3035714
#> 232 56 17 2 0.23287671 1 0.4657534 0.4524462
#> 233 61 17 2 0.21794872 1 0.4358974 0.4234432
#> 234 54 12 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 235 54 12 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 236 54 14 2 0.20588235 1 0.4117647 0.4000000
#> 237 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 238 61 14 2 0.18666667 1 0.3733333 0.3626667
#> 239 67 18 2 0.21176471 1 0.4235294 0.4114286
#> 240 47 7 2 0.12962963 1 0.2592593 0.2518519
#> 241 63 16 2 0.20253165 1 0.4050633 0.3934901
#> 242 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 243 55 19 2 0.25675676 1 0.5135135 0.4988417
#> 244 50 11 2 0.18032787 1 0.3606557 0.3503513
#> 245 52 15 2 0.22388060 1 0.4477612 0.4349680
#> 246 56 28 2 0.33333333 1 0.6666667 0.6476190
#> 247 55 9 2 0.14062500 1 0.2812500 0.2732143
#> 248 52 12 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 249 42 10 2 0.19230769 1 0.3846154 0.3736264
#> 250 78 26 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 251 79 26 2 0.24761905 1 0.4952381 0.4810884
#> 252 55 15 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 253 54 15 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 254 42 11 2 0.20754717 1 0.4150943 0.4032345
#> 255 47 12 2 0.20338983 1 0.4067797 0.3951574
#> 256 53 10 2 0.15873016 1 0.3174603 0.3083900
#> 257 47 14 2 0.22950820 1 0.4590164 0.4459016
#> 258 59 19 2 0.24358974 1 0.4871795 0.4732601
#> 259 49 12 2 0.19672131 1 0.3934426 0.3822014
#> 260 78 12 2 0.13333333 1 0.2666667 0.2590476
#> 261 56 14 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 262 60 22 2 0.26829268 1 0.5365854 0.5212544
#> 263 48 8 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 264 68 22 2 0.24444444 1 0.4888889 0.4749206
#> 265 43 25 2 0.36764706 1 0.7352941 0.7142857
#> 266 51 18 2 0.26086957 1 0.5217391 0.5068323
#> 267 67 19 2 0.22093023 1 0.4418605 0.4292359
#> 268 66 13 2 0.16455696 1 0.3291139 0.3197107
#> 269 57 14 2 0.19718310 1 0.3943662 0.3830986
#> 270 57 16 2 0.21917808 1 0.4383562 0.4258317
#> 271 54 20 2 0.27027027 1 0.5405405 0.5250965
#> 272 70 14 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 273 54 10 2 0.15625000 1 0.3125000 0.3035714
#> 274 61 23 2 0.27380952 1 0.5476190 0.5319728
#> 275 56 21 2 0.27272727 1 0.5454545 0.5298701
#> 276 46 12 2 0.20689655 1 0.4137931 0.4019704
#> 277 65 17 2 0.20731707 1 0.4146341 0.4027875
#> 278 55 18 2 0.24657534 1 0.4931507 0.4790607
#> 279 63 9 2 0.12500000 1 0.2500000 0.2428571
#> 280 40 17 2 0.29824561 1 0.5964912 0.5794486
#> 281 38 14 2 0.26923077 1 0.5384615 0.5230769
#> 282 63 25 2 0.28409091 1 0.5681818 0.5519481
#> 283 50 17 2 0.25373134 1 0.5074627 0.4929638
#> 284 42 10 2 0.19230769 1 0.3846154 0.3736264
#> 285 63 14 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 286 64 24 2 0.27272727 1 0.5454545 0.5298701
#> 287 61 15 2 0.19736842 1 0.3947368 0.3834586
#> 288 60 23 2 0.27710843 1 0.5542169 0.5383821
#> 289 57 14 2 0.19718310 1 0.3943662 0.3830986
#> 290 30 12 2 0.28571429 1 0.5714286 0.5551020
#> 291 44 19 2 0.30158730 1 0.6031746 0.5859410
#> 292 46 16 2 0.25806452 1 0.5161290 0.5013825
#> 293 30 16 2 0.34782609 1 0.6956522 0.6757764
#> 294 37 13 2 0.26000000 1 0.5200000 0.5051429
#> 295 36 14 2 0.28000000 1 0.5600000 0.5440000
#> 296 40 14 2 0.25925926 1 0.5185185 0.5037037
#> 297 56 15 2 0.21126761 1 0.4225352 0.4104628
#> 298 32 16 2 0.33333333 1 0.6666667 0.6476190
#> 299 35 15 2 0.30000000 1 0.6000000 0.5828571
#> 300 64 14 2 0.17948718 1 0.3589744 0.3487179
#> 301 48 16 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 302 57 15 2 0.20833333 1 0.4166667 0.4047619
#> 303 58 19 2 0.24675325 1 0.4935065 0.4794063
#> 304 58 22 2 0.27500000 1 0.5500000 0.5342857
#> 305 47 21 2 0.30882353 1 0.6176471 0.6000000
#> 306 72 10 2 0.12195122 1 0.2439024 0.2369338
#> 307 72 20 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 308 44 17 2 0.27868852 1 0.5573770 0.5414520
#> 309 56 18 2 0.24324324 1 0.4864865 0.4725869
#> 310 61 21 2 0.25609756 1 0.5121951 0.4975610
#> 311 63 22 2 0.25882353 1 0.5176471 0.5028571
#> 312 50 18 2 0.26470588 1 0.5294118 0.5142857
#> 313 65 18 2 0.21686747 1 0.4337349 0.4213425
#> 314 55 23 2 0.29487179 1 0.5897436 0.5728938
#> 315 52 21 2 0.28767123 1 0.5753425 0.5589041
#> 316 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 317 72 17 2 0.19101124 1 0.3820225 0.3711075
#> 318 40 22 2 0.35483871 1 0.7096774 0.6894009
#> 319 57 24 2 0.29629630 1 0.5925926 0.5756614
#> 320 52 8 2 0.13333333 1 0.2666667 0.2590476
#> 321 51 19 2 0.27142857 1 0.5428571 0.5273469
#> 322 53 10 2 0.15873016 1 0.3174603 0.3083900
#> 323 59 22 2 0.27160494 1 0.5432099 0.5276896
#> 324 57 15 2 0.20833333 1 0.4166667 0.4047619
#> 325 53 22 2 0.29333333 1 0.5866667 0.5699048
#> 326 68 16 2 0.19047619 1 0.3809524 0.3700680
#> 327 48 12 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 328 71 17 2 0.19318182 1 0.3863636 0.3753247
#> 329 55 13 2 0.19117647 1 0.3823529 0.3714286
#> 330 56 10 2 0.15151515 1 0.3030303 0.2943723
#> 331 53 13 2 0.19696970 1 0.3939394 0.3826840
#> 332 67 8 2 0.10666667 1 0.2133333 0.2072381
#> 333 49 23 2 0.31944444 1 0.6388889 0.6206349
#> 334 72 21 2 0.22580645 1 0.4516129 0.4387097
#> 335 60 23 2 0.27710843 1 0.5542169 0.5383821
#> 336 41 14 2 0.25454545 1 0.5090909 0.4945455
#> 337 79 18 2 0.18556701 1 0.3711340 0.3605302
#> 338 66 14 2 0.17500000 1 0.3500000 0.3400000
#> 339 76 12 2 0.13636364 1 0.2727273 0.2649351
#> 340 60 11 2 0.15492958 1 0.3098592 0.3010060
#> 341 53 12 2 0.18461538 1 0.3692308 0.3586813
#> 342 61 15 2 0.19736842 1 0.3947368 0.3834586
#> 343 62 18 2 0.22500000 1 0.4500000 0.4371429
#> 344 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 345 56 12 2 0.17647059 1 0.3529412 0.3428571
#> 346 60 13 2 0.17808219 1 0.3561644 0.3459883
#> 347 42 22 2 0.34375000 1 0.6875000 0.6678571
#> 348 51 17 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 349 42 15 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 350 51 23 2 0.31081081 1 0.6216216 0.6038610
#> 351 53 12 2 0.18461538 1 0.3692308 0.3586813
#> 352 70 18 2 0.20454545 1 0.4090909 0.3974026
#> 353 55 24 2 0.30379747 1 0.6075949 0.5902351
#> 354 48 8 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 355 56 15 2 0.21126761 1 0.4225352 0.4104628
#> 356 64 17 2 0.20987654 1 0.4197531 0.4077601
#> 357 57 10 2 0.14925373 1 0.2985075 0.2899787
#> 358 43 17 2 0.28333333 1 0.5666667 0.5504762
#> 359 54 15 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 360 56 12 2 0.17647059 1 0.3529412 0.3428571
#> 361 44 17 2 0.27868852 1 0.5573770 0.5414520
#> 362 51 19 2 0.27142857 1 0.5428571 0.5273469
#> 363 59 19 2 0.24358974 1 0.4871795 0.4732601
#> 364 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 365 36 11 2 0.23404255 1 0.4680851 0.4547112
#> 366 47 16 2 0.25396825 1 0.5079365 0.4934240
#> 367 49 18 2 0.26865672 1 0.5373134 0.5219616
#> 368 51 15 2 0.22727273 1 0.4545455 0.4415584
#> 369 53 14 2 0.20895522 1 0.4179104 0.4059701
#> 370 59 11 2 0.15714286 1 0.3142857 0.3053061
#> 371 58 15 2 0.20547945 1 0.4109589 0.3992172
#> 372 57 22 2 0.27848101 1 0.5569620 0.5410488
#> 373 64 17 2 0.20987654 1 0.4197531 0.4077601
#> 374 65 22 2 0.25287356 1 0.5057471 0.4912972
#> 375 61 12 2 0.16438356 1 0.3287671 0.3193738
#> 376 60 22 2 0.26829268 1 0.5365854 0.5212544
#> 377 47 17 2 0.26562500 1 0.5312500 0.5160714
#> 378 59 27 2 0.31395349 1 0.6279070 0.6099668
#> 379 53 23 2 0.30263158 1 0.6052632 0.5879699
#> 380 56 26 2 0.31707317 1 0.6341463 0.6160279
#> 381 70 12 2 0.14634146 1 0.2926829 0.2843206
#> 382 63 15 2 0.19230769 1 0.3846154 0.3736264
#> 383 64 20 2 0.23809524 1 0.4761905 0.4625850
#> 384 43 15 2 0.25862069 1 0.5172414 0.5024631
#> 385 63 24 2 0.27586207 1 0.5517241 0.5359606
#> 386 70 7 2 0.09090909 1 0.1818182 0.1766234
#> 387 64 17 2 0.20987654 1 0.4197531 0.4077601
#> 388 55 12 2 0.17910448 1 0.3582090 0.3479744
#> 389 67 18 2 0.21176471 1 0.4235294 0.4114286
#> 390 49 18 2 0.26865672 1 0.5373134 0.5219616
#> 391 60 13 2 0.17808219 1 0.3561644 0.3459883
#> 392 58 20 2 0.25641026 1 0.5128205 0.4981685
#> 393 57 11 2 0.16176471 1 0.3235294 0.3142857
#> 394 39 20 2 0.33898305 1 0.6779661 0.6585956
#> 395 61 18 2 0.22784810 1 0.4556962 0.4426763
#> 396 50 10 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 397 56 20 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 398 51 16 2 0.23880597 1 0.4776119 0.4639659
#> 399 63 11 2 0.14864865 1 0.2972973 0.2888031
#> 400 65 15 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 401 62 17 2 0.21518987 1 0.4303797 0.4180832
#> 402 50 14 2 0.21875000 1 0.4375000 0.4250000
#> 403 51 15 2 0.22727273 1 0.4545455 0.4415584
#> 404 74 16 2 0.17777778 1 0.3555556 0.3453968
#> 405 60 20 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 406 62 13 2 0.17333333 1 0.3466667 0.3367619
#> 407 72 15 2 0.17241379 1 0.3448276 0.3349754
#> 408 77 20 2 0.20618557 1 0.4123711 0.4005891
#> 409 64 14 2 0.17948718 1 0.3589744 0.3487179
#> 410 55 12 2 0.17910448 1 0.3582090 0.3479744
#> 411 55 15 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 412 72 19 2 0.20879121 1 0.4175824 0.4056515
#> 413 54 19 2 0.26027397 1 0.5205479 0.5056751
#> 414 41 21 2 0.33870968 1 0.6774194 0.6580645
#> 415 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 416 58 15 2 0.20547945 1 0.4109589 0.3992172
#> 417 69 14 2 0.16867470 1 0.3373494 0.3277108
#> 418 59 13 2 0.18055556 1 0.3611111 0.3507937
#> 419 52 15 2 0.22388060 1 0.4477612 0.4349680
#> 420 54 13 2 0.19402985 1 0.3880597 0.3769723
#> 421 44 17 2 0.27868852 1 0.5573770 0.5414520
#> 422 61 22 2 0.26506024 1 0.5301205 0.5149742
#> 423 52 21 2 0.28767123 1 0.5753425 0.5589041
#> 424 71 16 2 0.18390805 1 0.3678161 0.3573071
#> 425 65 20 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 426 69 17 2 0.19767442 1 0.3953488 0.3840532
#> 427 68 11 2 0.13924051 1 0.2784810 0.2705244
#> 428 73 28 2 0.27722772 1 0.5544554 0.5386139
#> 429 44 17 2 0.27868852 1 0.5573770 0.5414520
#> 430 65 26 2 0.28571429 1 0.5714286 0.5551020
#> 431 60 16 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 432 51 14 2 0.21538462 1 0.4307692 0.4184615
#> 433 47 13 2 0.21666667 1 0.4333333 0.4209524
#> 434 79 15 2 0.15957447 1 0.3191489 0.3100304
#> 435 63 18 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 436 72 14 2 0.16279070 1 0.3255814 0.3162791
#> 437 59 8 2 0.11940299 1 0.2388060 0.2319829
#> 438 66 13 2 0.16455696 1 0.3291139 0.3197107
#> 439 74 25 2 0.25252525 1 0.5050505 0.4906205
#> 440 45 15 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 441 59 13 2 0.18055556 1 0.3611111 0.3507937
#> 442 65 16 2 0.19753086 1 0.3950617 0.3837743
#> 443 49 17 2 0.25757576 1 0.5151515 0.5004329
#> 444 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 445 65 16 2 0.19753086 1 0.3950617 0.3837743
#> 446 60 21 2 0.25925926 1 0.5185185 0.5037037
#> 447 48 15 2 0.23809524 1 0.4761905 0.4625850
#> 448 56 13 2 0.18840580 1 0.3768116 0.3660455
#> 449 56 14 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 450 51 20 2 0.28169014 1 0.5633803 0.5472837
#> 451 43 16 2 0.27118644 1 0.5423729 0.5268765
#> 452 56 19 2 0.25333333 1 0.5066667 0.4921905
#> 453 65 16 2 0.19753086 1 0.3950617 0.3837743
#> 454 53 19 2 0.26388889 1 0.5277778 0.5126984
#> 455 61 11 2 0.15277778 1 0.3055556 0.2968254
#> 456 51 11 2 0.17741935 1 0.3548387 0.3447005
#> 457 57 20 2 0.25974026 1 0.5194805 0.5046382
#> 458 45 18 2 0.28571429 1 0.5714286 0.5551020
#> 459 62 14 2 0.18421053 1 0.3684211 0.3578947
#> 460 49 16 2 0.24615385 1 0.4923077 0.4782418
#> 461 63 17 2 0.21250000 1 0.4250000 0.4128571
#> 462 58 19 2 0.24675325 1 0.4935065 0.4794063
#> 463 53 20 2 0.27397260 1 0.5479452 0.5322896
#> 464 42 13 2 0.23636364 1 0.4727273 0.4592208
#> 465 46 13 2 0.22033898 1 0.4406780 0.4280872
#> 466 61 15 2 0.19736842 1 0.3947368 0.3834586
#> 467 49 16 2 0.24615385 1 0.4923077 0.4782418
#> 468 48 11 2 0.18644068 1 0.3728814 0.3622276
#> 469 40 14 2 0.25925926 1 0.5185185 0.5037037
#> 470 64 16 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 471 49 17 2 0.25757576 1 0.5151515 0.5004329
#> 472 76 18 2 0.19148936 1 0.3829787 0.3720365
#> 473 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 474 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 475 67 16 2 0.19277108 1 0.3855422 0.3745267
#> 476 44 9 2 0.16981132 1 0.3396226 0.3299191
#> 477 57 16 2 0.21917808 1 0.4383562 0.4258317
#> 478 69 16 2 0.18823529 1 0.3764706 0.3657143
#> 479 45 19 2 0.29687500 1 0.5937500 0.5767857
#> 480 56 11 2 0.16417910 1 0.3283582 0.3189765
#> 481 53 15 2 0.22058824 1 0.4411765 0.4285714
#> 482 56 18 2 0.24324324 1 0.4864865 0.4725869
#> 483 62 16 2 0.20512821 1 0.4102564 0.3985348
#> 484 55 12 2 0.17910448 1 0.3582090 0.3479744
#> 485 58 15 2 0.20547945 1 0.4109589 0.3992172
#> 486 64 13 2 0.16883117 1 0.3376623 0.3280148
#> 487 75 27 2 0.26470588 1 0.5294118 0.5142857
#> 488 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 489 57 11 2 0.16176471 1 0.3235294 0.3142857
#> 490 52 12 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 491 48 8 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 492 57 20 2 0.25974026 1 0.5194805 0.5046382
#> 493 67 18 2 0.21176471 1 0.4235294 0.4114286
#> 494 58 15 2 0.20547945 1 0.4109589 0.3992172
#> 495 55 14 2 0.20289855 1 0.4057971 0.3942029
#> 496 48 12 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 497 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 498 60 19 2 0.24050633 1 0.4810127 0.4672694
#> 499 60 25 2 0.29411765 1 0.5882353 0.5714286
#> 500 56 13 2 0.18840580 1 0.3768116 0.3660455
#> 501 48 26 2 0.35135135 1 0.7027027 0.6826255
#> 502 53 18 2 0.25352113 1 0.5070423 0.4925553
#> 503 51 18 2 0.26086957 1 0.5217391 0.5068323
#> 504 59 21 2 0.26250000 1 0.5250000 0.5100000
#> 505 64 13 2 0.16883117 1 0.3376623 0.3280148
#> 506 60 16 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 507 56 9 2 0.13846154 1 0.2769231 0.2690110
#> 508 43 14 2 0.24561404 1 0.4912281 0.4771930
#> 509 70 17 2 0.19540230 1 0.3908046 0.3796388
#> 510 58 13 2 0.18309859 1 0.3661972 0.3557344
#> 511 65 14 2 0.17721519 1 0.3544304 0.3443038
#> 512 60 22 2 0.26829268 1 0.5365854 0.5212544
#> 513 59 9 2 0.13235294 1 0.2647059 0.2571429
#> 514 60 12 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 515 60 23 2 0.27710843 1 0.5542169 0.5383821
#> 516 57 17 2 0.22972973 1 0.4594595 0.4463320
#> 517 57 14 2 0.19718310 1 0.3943662 0.3830986
#> 518 62 20 2 0.24390244 1 0.4878049 0.4738676
#> 519 55 17 2 0.23611111 1 0.4722222 0.4587302
#> 520 55 15 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 521 71 25 2 0.26041667 1 0.5208333 0.5059524
#> 522 58 16 2 0.21621622 1 0.4324324 0.4200772
#> 523 56 16 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 524 62 16 2 0.20512821 1 0.4102564 0.3985348
#> 525 69 15 2 0.17857143 1 0.3571429 0.3469388
#> 526 49 11 2 0.18333333 1 0.3666667 0.3561905
#> 527 45 12 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 528 50 15 2 0.23076923 1 0.4615385 0.4483516
#> 529 59 18 2 0.23376623 1 0.4675325 0.4541744
#> 530 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 531 56 20 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 532 50 14 2 0.21875000 1 0.4375000 0.4250000
#> 533 64 20 2 0.23809524 1 0.4761905 0.4625850
#> 534 72 16 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 535 47 14 2 0.22950820 1 0.4590164 0.4459016
#> 536 39 15 2 0.27777778 1 0.5555556 0.5396825
#> 537 61 6 2 0.08955224 1 0.1791045 0.1739872
#> 538 53 16 2 0.23188406 1 0.4637681 0.4505176
#> 539 60 14 2 0.18918919 1 0.3783784 0.3675676
#> 540 66 18 2 0.21428571 1 0.4285714 0.4163265
#> 541 38 15 2 0.28301887 1 0.5660377 0.5498652
#> 542 67 19 2 0.22093023 1 0.4418605 0.4292359
#> 543 53 15 2 0.22058824 1 0.4411765 0.4285714
#> 544 54 12 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 545 63 18 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 546 61 19 2 0.23750000 1 0.4750000 0.4614286
#> 547 53 17 2 0.24285714 1 0.4857143 0.4718367
#> 548 64 17 2 0.20987654 1 0.4197531 0.4077601
#> 549 51 18 2 0.26086957 1 0.5217391 0.5068323
#> 550 59 20 2 0.25316456 1 0.5063291 0.4918626
#> 551 49 14 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 552 61 14 2 0.18666667 1 0.3733333 0.3626667
#> 553 52 12 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 554 54 16 2 0.22857143 1 0.4571429 0.4440816
#> 555 64 21 2 0.24705882 1 0.4941176 0.4800000
#> 556 61 25 2 0.29069767 1 0.5813953 0.5647841
#> 557 41 11 2 0.21153846 1 0.4230769 0.4109890
#> 558 61 11 2 0.15277778 1 0.3055556 0.2968254
#> 559 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 560 65 22 2 0.25287356 1 0.5057471 0.4912972
#> 561 51 17 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 562 57 15 2 0.20833333 1 0.4166667 0.4047619
#> 563 58 18 2 0.23684211 1 0.4736842 0.4601504
#> 564 56 20 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 565 47 11 2 0.18965517 1 0.3793103 0.3684729
#> 566 59 18 2 0.23376623 1 0.4675325 0.4541744
#> 567 57 16 2 0.21917808 1 0.4383562 0.4258317
#> 568 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 569 65 21 2 0.24418605 1 0.4883721 0.4744186
#> 570 66 23 2 0.25842697 1 0.5168539 0.5020867
#> 571 48 17 2 0.26153846 1 0.5230769 0.5081319
#> 572 51 13 2 0.20312500 1 0.4062500 0.3946429
#> 573 49 13 2 0.20967742 1 0.4193548 0.4073733
#> 574 51 22 2 0.30136986 1 0.6027397 0.5855186
#> 575 65 20 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 576 50 17 2 0.25373134 1 0.5074627 0.4929638
#> 577 55 21 2 0.27631579 1 0.5526316 0.5368421
#> 578 48 14 2 0.22580645 1 0.4516129 0.4387097
#> 579 57 10 2 0.14925373 1 0.2985075 0.2899787
#> 580 50 22 2 0.30555556 1 0.6111111 0.5936508
#> 581 63 14 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 582 62 14 2 0.18421053 1 0.3684211 0.3578947
#> 583 60 11 2 0.15492958 1 0.3098592 0.3010060
#> 584 45 16 2 0.26229508 1 0.5245902 0.5096019
#> 585 52 18 2 0.25714286 1 0.5142857 0.4995918
#> 586 57 19 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 587 51 15 2 0.22727273 1 0.4545455 0.4415584
#> 588 52 11 2 0.17460317 1 0.3492063 0.3392290
#> 589 69 12 2 0.14814815 1 0.2962963 0.2878307
#> 590 79 14 2 0.15053763 1 0.3010753 0.2924731
#> 591 44 13 2 0.22807018 1 0.4561404 0.4431078
#> 592 74 17 2 0.18681319 1 0.3736264 0.3629513
#> 593 58 12 2 0.17142857 1 0.3428571 0.3330612
#> 594 40 16 2 0.28571429 1 0.5714286 0.5551020
#> 595 57 12 2 0.17391304 1 0.3478261 0.3378882
#> 596 60 20 2 0.25000000 1 0.5000000 0.4857143
#> 597 49 18 2 0.26865672 1 0.5373134 0.5219616
#> 598 41 7 2 0.14583333 1 0.2916667 0.2833333
#> 599 54 14 2 0.20588235 1 0.4117647 0.4000000
#> 600 54 9 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 601 61 16 2 0.20779221 1 0.4155844 0.4037106
#> 602 49 14 2 0.22222222 1 0.4444444 0.4317460
#> 603 70 17 2 0.19540230 1 0.3908046 0.3796388
#> 604 51 12 2 0.19047619 1 0.3809524 0.3700680
#> 605 71 21 2 0.22826087 1 0.4565217 0.4434783
#> 606 64 16 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 607 46 11 2 0.19298246 1 0.3859649 0.3749373
#> 608 71 14 2 0.16470588 1 0.3294118 0.3200000
#> 609 41 11 2 0.21153846 1 0.4230769 0.4109890
#> 610 50 16 2 0.24242424 1 0.4848485 0.4709957
#> 611 44 16 2 0.26666667 1 0.5333333 0.5180952
#> 612 30 17 2 0.36170213 1 0.7234043 0.7027356
#> 613 42 15 2 0.26315789 1 0.5263158 0.5112782
#> 614 32 18 2 0.36000000 1 0.7200000 0.6994286
#> 615 45 22 2 0.32835821 1 0.6567164 0.6379531
#> 616 47 16 2 0.25396825 1 0.5079365 0.4934240
#> 617 26 14 2 0.35000000 1 0.7000000 0.6800000
#> 618 48 8 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 619 32 11 2 0.25581395 1 0.5116279 0.4970100
#> 620 42 17 2 0.28813559 1 0.5762712 0.5598063
#> 621 46 15 2 0.24590164 1 0.4918033 0.4777518
#> 622 67 41 2 0.37962963 1 0.7592593 0.7375661
#> 623 47 34 2 0.41975309 1 0.8395062 0.8155203
#> 624 83 13 2 0.13541667 1 0.2708333 0.2630952
#> 625 74 18 2 0.19565217 1 0.3913043 0.3801242
#> 626 80 17 2 0.17525773 1 0.3505155 0.3405007
#> 627 74 22 2 0.22916667 1 0.4583333 0.4452381
#> 628 66 16 2 0.19512195 1 0.3902439 0.3790941
#> 629 73 16 2 0.17977528 1 0.3595506 0.3492777
#> 630 73 11 2 0.13095238 1 0.2619048 0.2544218
#> 631 70 29 2 0.29292929 1 0.5858586 0.5691198
#> 632 88 15 2 0.14563107 1 0.2912621 0.2829404
#> 633 84 18 2 0.17647059 1 0.3529412 0.3428571
#> 634 79 14 2 0.15053763 1 0.3010753 0.2924731
#> 635 69 16 2 0.18823529 1 0.3764706 0.3657143
#> 636 80 12 2 0.13043478 1 0.2608696 0.2534161
#> 637 62 14 2 0.18421053 1 0.3684211 0.3578947
#> 638 81 14 2 0.14736842 1 0.2947368 0.2863158
#> 639 64 18 2 0.21951220 1 0.4390244 0.4264808
#> 640 92 14 2 0.13207547 1 0.2641509 0.2566038
#> 641 78 13 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 642 82 21 2 0.20388350 1 0.4077670 0.3961165
#> 643 65 15 2 0.18750000 1 0.3750000 0.3642857
#> 644 64 11 2 0.14666667 1 0.2933333 0.2849524
#> 645 59 10 2 0.14492754 1 0.2898551 0.2815735
#> 646 68 9 2 0.11688312 1 0.2337662 0.2270872
#> 647 72 17 2 0.19101124 1 0.3820225 0.3711075
#> 648 75 15 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 649 89 12 2 0.11881188 1 0.2376238 0.2308345
#> 650 85 15 2 0.15000000 1 0.3000000 0.2914286
#> 651 70 15 2 0.17647059 1 0.3529412 0.3428571
#> 652 69 16 2 0.18823529 1 0.3764706 0.3657143
#> 653 63 13 2 0.17105263 1 0.3421053 0.3323308
#> 654 82 10 2 0.10869565 1 0.2173913 0.2111801
#> 655 62 11 2 0.15068493 1 0.3013699 0.2927593
#> 656 69 10 2 0.12658228 1 0.2531646 0.2459313
#> 657 73 20 2 0.21505376 1 0.4301075 0.4178187
#> 658 64 16 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 659 72 20 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 660 79 20 2 0.20202020 1 0.4040404 0.3924964
#> 661 65 21 2 0.24418605 1 0.4883721 0.4744186
#> 662 75 14 2 0.15730337 1 0.3146067 0.3056180
#> 663 51 15 2 0.22727273 1 0.4545455 0.4415584
#> 664 57 20 2 0.25974026 1 0.5194805 0.5046382
#> 665 91 16 2 0.14953271 1 0.2990654 0.2905207
#> 666 59 18 2 0.23376623 1 0.4675325 0.4541744
#> 667 81 18 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 668 77 17 2 0.18085106 1 0.3617021 0.3513678
#> 669 83 15 2 0.15306122 1 0.3061224 0.2973761
#> 670 84 27 2 0.24324324 1 0.4864865 0.4725869
#> 671 90 18 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 672 78 15 2 0.16129032 1 0.3225806 0.3133641
#> 673 59 20 2 0.25316456 1 0.5063291 0.4918626
#> 674 72 14 2 0.16279070 1 0.3255814 0.3162791
#> 675 63 19 2 0.23170732 1 0.4634146 0.4501742
#> 676 74 16 2 0.17777778 1 0.3555556 0.3453968
#> 677 81 15 2 0.15625000 1 0.3125000 0.3035714
#> 678 65 21 2 0.24418605 1 0.4883721 0.4744186
#> 679 71 11 2 0.13414634 1 0.2682927 0.2606272
#> 680 81 14 2 0.14736842 1 0.2947368 0.2863158
#> 681 65 10 2 0.13333333 1 0.2666667 0.2590476
#> 682 79 20 2 0.20202020 1 0.4040404 0.3924964
#> 683 68 38 2 0.35849057 1 0.7169811 0.6964960
#> 684 65 20 2 0.23529412 1 0.4705882 0.4571429
#> 685 77 13 2 0.14444444 1 0.2888889 0.2806349
#> 686 71 19 2 0.21111111 1 0.4222222 0.4101587
#> 687 90 21 2 0.18918919 1 0.3783784 0.3675676
#> 688 70 18 2 0.20454545 1 0.4090909 0.3974026
#> 689 77 27 2 0.25961538 1 0.5192308 0.5043956
#> 690 74 23 2 0.23711340 1 0.4742268 0.4606775
#> 691 66 19 2 0.22352941 1 0.4470588 0.4342857
#> 692 59 13 2 0.18055556 1 0.3611111 0.3507937
#> 693 67 13 2 0.16250000 1 0.3250000 0.3157143
#> 694 83 14 2 0.14432990 1 0.2886598 0.2804124
#> 695 60 15 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> 696 63 19 2 0.23170732 1 0.4634146 0.4501742
#> 697 90 12 2 0.11764706 1 0.2352941 0.2285714
#> 698 59 41 2 0.41000000 1 0.8200000 0.7965714
#> 699 82 18 2 0.18000000 1 0.3600000 0.3497143
#> 700 79 15 2 0.15957447 1 0.3191489 0.3100304
#> 701 75 20 2 0.21052632 1 0.4210526 0.4090226
#> 702 82 19 2 0.18811881 1 0.3762376 0.3654880
#> 703 67 10 2 0.12987013 1 0.2597403 0.2523191
#> 704 86 19 2 0.18095238 1 0.3619048 0.3515646
#> 705 96 17 2 0.15044248 1 0.3008850 0.2922882
#> 706 67 16 2 0.19277108 1 0.3855422 0.3745267
#> 707 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 708 73 11 2 0.13095238 1 0.2619048 0.2544218
#> 709 67 16 2 0.19277108 1 0.3855422 0.3745267
#> 710 63 17 2 0.21250000 1 0.4250000 0.4128571
#> 711 56 30 2 0.34883721 1 0.6976744 0.6777409
#> 712 68 10 2 0.12820513 1 0.2564103 0.2490842
#> 713 71 20 2 0.21978022 1 0.4395604 0.4270016
#> 714 74 20 2 0.21276596 1 0.4255319 0.4133739
#> 715 72 20 2 0.21739130 1 0.4347826 0.4223602
#> 716 56 15 2 0.21126761 1 0.4225352 0.4104628
#> 717 69 17 2 0.19767442 1 0.3953488 0.3840532
#> 718 72 12 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 719 85 14 2 0.14141414 1 0.2828283 0.2747475
#> 720 79 12 2 0.13186813 1 0.2637363 0.2562009
#> 721 65 16 2 0.19753086 1 0.3950617 0.3837743
#> 722 65 13 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 723 71 13 2 0.15476190 1 0.3095238 0.3006803
#> 724 80 10 2 0.11111111 1 0.2222222 0.2158730
#> 725 90 16 2 0.15094340 1 0.3018868 0.2932615
#> 726 67 15 2 0.18292683 1 0.3658537 0.3554007
#> 727 87 16 2 0.15533981 1 0.3106796 0.3018031
#> 728 60 10 2 0.14285714 1 0.2857143 0.2775510
#> 729 63 16 2 0.20253165 1 0.4050633 0.3934901
#> 730 68 12 2 0.15000000 1 0.3000000 0.2914286
#> 731 72 19 2 0.20879121 1 0.4175824 0.4056515
#> 732 88 20 2 0.18518519 1 0.3703704 0.3597884
#> 733 55 11 2 0.16666667 1 0.3333333 0.3238095
#> 734 74 14 2 0.15909091 1 0.3181818 0.3090909
#> 735 70 19 2 0.21348315 1 0.4269663 0.4147673
#> 736 76 20 2 0.20833333 1 0.4166667 0.4047619
#> 737 73 16 2 0.17977528 1 0.3595506 0.3492777
#> 738 72 16 2 0.18181818 1 0.3636364 0.3532468
#> 739 63 19 2 0.23170732 1 0.4634146 0.4501742
#> 740 59 17 2 0.22368421 1 0.4473684 0.4345865
#> 741 80 18 2 0.18367347 1 0.3673469 0.3568513
#> 742 91 22 2 0.19469027 1 0.3893805 0.3782554
#> 743 69 14 2 0.16867470 1 0.3373494 0.3277108
#> 744 54 34 2 0.38636364 1 0.7727273 0.7506494
#> 745 79 21 2 0.21000000 1 0.4200000 0.4080000
#> 746 81 16 2 0.16494845 1 0.3298969 0.3204713
#> 747 129 20 2 0.13422819 1 0.2684564 0.2607862
#> 748 71 13 2 0.15476190 1 0.3095238 0.3006803
#> 749 53 26 2 0.32911392 1 0.6582278 0.6394213
#> 750 71 18 2 0.20224719 1 0.4044944 0.3929374
#> 751 87 23 2 0.20909091 1 0.4181818 0.4062338
#> 752 78 12 2 0.13333333 1 0.2666667 0.2590476
#> 753 82 15 2 0.15463918 1 0.3092784 0.3004418
#> 754 80 17 2 0.17525773 1 0.3505155 0.3405007
#> 755 72 13 2 0.15294118 1 0.3058824 0.2971429
#> 756 64 24 2 0.27272727 1 0.5454545 0.5298701
#> 757 52 37 2 0.41573034 1 0.8314607 0.8077047
#> 758 76 16 2 0.17391304 1 0.3478261 0.3378882
#> 759 66 10 2 0.13157895 1 0.2631579 0.2556391
#> 760 74 20 2 0.21276596 1 0.4255319 0.4133739
#> 761 71 22 2 0.23655914 1 0.4731183 0.4596006
#> 762 79 12 2 0.13186813 1 0.2637363 0.2562009
#> 763 66 19 2 0.22352941 1 0.4470588 0.4342857
#> 764 62 12 2 0.16216216 1 0.3243243 0.3150579
#> 765 72 21 2 0.22580645 1 0.4516129 0.4387097
#> 766 57 23 2 0.28750000 1 0.5750000 0.5585714
#> 767 71 16 2 0.18390805 1 0.3678161 0.3573071
#> 768 62 11 2 0.15068493 1 0.3013699 0.2927593
#> 769 68 17 2 0.20000000 1 0.4000000 0.3885714
#> CCF_sample
#> 1 1.5703442
#> 2 1.1182754
#> 3 1.2317236
#> 4 0.7613790
#> 5 0.8946203
#> 6 0.8226394
#> 7 0.8182503
#> 8 1.0896017
#> 9 1.0880517
#> 10 0.7198094
#> 11 0.7741907
#> 12 0.7062792
#> 13 0.9191305
#> 14 0.8462625
#> 15 1.2546504
#> 16 1.0005622
#> 17 1.3916316
#> 18 0.8089652
#> 19 0.8387065
#> 20 1.2986424
#> 21 0.7560172
#> 22 1.0322542
#> 23 1.0843883
#> 24 0.6127536
#> 25 1.0322542
#> 26 1.0005622
#> 27 1.0524945
#> 28 0.4523361
#> 29 1.0191877
#> 30 1.1455504
#> 31 1.0372409
#> 32 0.9585218
#> 33 1.1825441
#> 34 0.8602118
#> 35 1.2425282
#> 36 0.8828490
#> 37 1.0735444
#> 38 0.7281793
#> 39 1.0492460
#> 40 0.9036569
#> 41 1.0843883
#> 42 0.9041375
#> 43 1.0561490
#> 44 1.0456601
#> 45 0.9059446
#> 46 1.3724289
#> 47 1.0822020
#> 48 1.2264956
#> 49 1.1037523
#> 50 1.3230300
#> 51 0.9417056
#> 52 1.0191877
#> 53 1.2877111
#> 54 0.7544991
#> 55 0.4970113
#> 56 1.0322542
#> 57 1.0594188
#> 58 0.8946203
#> 59 1.1856414
#> 60 1.3490306
#> 61 1.2017288
#> 62 0.9379084
#> 63 1.2255073
#> 64 0.9379084
#> 65 1.1771320
#> 66 0.7801921
#> 67 1.2684915
#> 68 1.2247778
#> 69 0.6127536
#> 70 1.3361212
#> 71 1.4313925
#> 72 0.8283521
#> 73 0.7455169
#> 74 0.7952181
#> 75 0.8132912
#> 76 1.1182754
#> 77 1.0863247
#> 78 0.5920281
#> 79 1.0524945
#> 80 1.0456601
#> 81 0.8028644
#> 82 0.8427583
#> 83 0.8258034
#> 84 1.0710243
#> 85 1.2456739
#> 86 1.0822020
#> 87 1.3156181
#> 88 0.6390145
#> 89 0.6390145
#> 90 0.8387065
#> 91 0.7668174
#> 92 0.8551518
#> 93 1.1928271
#> 94 1.0778558
#> 95 1.0778558
#> 96 0.5680129
#> 97 0.8946203
#> 98 1.2965512
#> 99 0.8182503
#> 100 1.3978442
#> 101 1.0934248
#> 102 0.7235900
#> 103 0.9940226
#> 104 0.7712244
#> 105 0.9585218
#> 106 0.7731287
#> 107 0.4817186
#> 108 0.5866363
#> 109 1.0880517
#> 110 1.3230300
#> 111 0.6482756
#> 112 0.9273503
#> 113 0.7651358
#> 114 0.8551518
#> 115 0.7858151
#> 116 1.0910004
#> 117 1.0524945
#> 118 0.9634373
#> 119 1.0051914
#> 120 0.9691720
#> 121 0.9671571
#> 122 1.1484990
#> 123 0.7965797
#> 124 1.2103687
#> 125 1.2629934
#> 126 0.7156962
#> 127 1.2986424
#> 128 1.0224232
#> 129 1.1051192
#> 130 1.0986565
#> 131 0.9362306
#> 132 1.2199368
#> 133 0.9059446
#> 134 1.0735444
#> 135 0.7987681
#> 136 1.2986424
#> 137 1.0166140
#> 138 0.9749068
#> 139 1.0322542
#> 140 1.6774131
#> 141 1.2888598
#> 142 1.3882039
#> 143 1.5655855
#> 144 0.9691720
#> 145 0.9254693
#> 146 1.0572786
#> 147 0.9209327
#> 148 1.2301029
#> 149 0.8028644
#> 150 0.9875679
#> 151 0.9462330
#> 152 0.9417056
#> 153 1.0696547
#> 154 1.0710243
#> 155 1.1037523
#> 156 0.7668174
#> 157 1.0322542
#> 158 0.9585218
#> 159 0.9209327
#> 160 1.0468961
#> 161 0.9450215
#> 162 1.2616440
#> 163 1.1062509
#> 164 1.3589169
#> 165 0.7253678
#> 166 0.9724134
#> 167 0.7455169
#> 168 1.3813990
#> 169 1.0437237
#> 170 0.7036340
#> 171 1.1856414
#> 172 1.1020685
#> 173 0.9085988
#> 174 0.8387065
#> 175 0.6074582
#> 176 0.9542617
#> 177 0.7253678
#> 178 1.1668961
#> 179 0.8622846
#> 180 1.1182754
#> 181 0.6461147
#> 182 1.1029565
#> 183 1.0005622
#> 184 0.9417056
#> 185 0.8820200
#> 186 0.8190186
#> 187 1.0797142
#> 188 1.0064479
#> 189 1.2693937
#> 190 1.2616440
#> 191 0.7353044
#> 192 1.1331857
#> 193 1.2089464
#> 194 1.0682034
#> 195 1.3978442
#> 196 1.3419305
#> 197 0.9998698
#> 198 1.2780290
#> 199 0.9634373
#> 200 0.7864794
#> 201 1.0322542
#> 202 0.9671571
#> 203 1.1668961
#> 204 1.2965512
#> 205 0.9671571
#> 206 1.2580598
#> 207 1.0735444
#> 208 0.9700702
#> 209 1.7204237
#> 210 1.7204237
#> 211 1.1029565
#> 212 0.8751720
#> 213 1.1331857
#> 214 0.9542617
#> 215 0.7367461
#> 216 0.8828490
#> 217 1.4910339
#> 218 1.0239630
#> 219 0.7253678
#> 220 1.1182754
#> 221 0.7062792
#> 222 1.0843883
#> 223 1.0372409
#> 224 0.9294756
#> 225 1.4396189
#> 226 1.2425282
#> 227 0.6127536
#> 228 0.5218618
#> 229 0.9784910
#> 230 0.9294756
#> 231 0.6989221
#> 232 1.0416812
#> 233 0.9749068
#> 234 0.8132912
#> 235 0.8132912
#> 236 0.9209327
#> 237 1.0843883
#> 238 0.8349790
#> 239 0.9472450
#> 240 0.5798465
#> 241 0.9059446
#> 242 0.8946203
#> 243 1.1484990
#> 244 0.8066249
#> 245 1.0014406
#> 246 1.4910339
#> 247 0.6290299
#> 248 0.8387065
#> 249 0.8602118
#> 250 1.1182754
#> 251 1.1076251
#> 252 0.9585218
#> 253 0.9724134
#> 254 0.9283796
#> 255 0.9097834
#> 256 0.7100161
#> 257 1.0266135
#> 258 1.0896017
#> 259 0.8799544
#> 260 0.5964135
#> 261 0.8946203
#> 262 1.2001004
#> 263 0.6390145
#> 264 1.0934248
#> 265 1.6445226
#> 266 1.1668961
#> 267 0.9882434
#> 268 0.7360800
#> 269 0.8820200
#> 270 0.9804058
#> 271 1.2089464
#> 272 0.7455169
#> 273 0.6989221
#> 274 1.2247778
#> 275 1.2199368
#> 276 0.9254693
#> 277 0.9273503
#> 278 1.1029565
#> 279 0.5591377
#> 280 1.3340829
#> 281 1.2042966
#> 282 1.2707675
#> 283 1.1349661
#> 284 0.8602118
#> 285 0.8132912
#> 286 1.2199368
#> 287 0.8828490
#> 288 1.2395342
#> 289 0.8820200
#> 290 1.2780290
#> 291 1.3490306
#> 292 1.1543488
#> 293 1.5558614
#> 294 1.1630064
#> 295 1.2524684
#> 296 1.1596930
#> 297 0.9450215
#> 298 1.4910339
#> 299 1.3419305
#> 300 0.8028644
#> 301 1.1182754
#> 302 0.9318962
#> 303 1.1037523
#> 304 1.2301029
#> 305 1.3813990
#> 306 0.5455002
#> 307 0.9724134
#> 308 1.2466021
#> 309 1.0880517
#> 310 1.1455504
#> 311 1.1577439
#> 312 1.1840563
#> 313 0.9700702
#> 314 1.3189915
#> 315 1.2867826
#> 316 1.1182754
#> 317 0.8544127
#> 318 1.5872296
#> 319 1.3253634
#> 320 0.5964135
#> 321 1.2141276
#> 322 0.7100161
#> 323 1.2149165
#> 324 0.9318962
#> 325 1.3121098
#> 326 0.8520193
#> 327 0.8946203
#> 328 0.8641219
#> 329 0.8551518
#> 330 0.6777427
#> 331 0.8810655
#> 332 0.4771308
#> 333 1.4289074
#> 334 1.0100552
#> 335 1.2395342
#> 336 1.1386077
#> 337 0.8300601
#> 338 0.7827928
#> 339 0.6099684
#> 340 0.6930157
#> 341 0.8258034
#> 342 0.8828490
#> 343 1.0064479
#> 344 1.0005622
#> 345 0.7893709
#> 346 0.7965797
#> 347 1.5376287
#> 348 1.1182754
#> 349 1.1771320
#> 350 1.3902883
#> 351 0.8258034
#> 352 0.9149526
#> 353 1.3589169
#> 354 0.6390145
#> 355 0.9450215
#> 356 0.9387991
#> 357 0.6676271
#> 358 1.2673788
#> 359 0.9724134
#> 360 0.7893709
#> 361 1.2466021
#> 362 1.2141276
#> 363 1.0896017
#> 364 0.8946203
#> 365 1.0468961
#> 366 1.1360258
#> 367 1.2017288
#> 368 1.0166140
#> 369 0.9346779
#> 370 0.7029160
#> 371 0.9191305
#> 372 1.2456739
#> 373 0.9387991
#> 374 1.1311291
#> 375 0.7353044
#> 376 1.2001004
#> 377 1.1881676
#> 378 1.4043458
#> 379 1.3537018
#> 380 1.4183005
#> 381 0.6546002
#> 382 0.8602118
#> 383 1.0650242
#> 384 1.1568366
#> 385 1.2339591
#> 386 0.4066456
#> 387 0.9387991
#> 388 0.8011525
#> 389 0.9472450
#> 390 1.2017288
#> 391 0.7965797
#> 392 1.1469491
#> 393 0.7235900
#> 394 1.5163056
#> 395 1.0191877
#> 396 0.7455169
#> 397 1.1771320
#> 398 1.0682034
#> 399 0.6649205
#> 400 0.8387065
#> 401 0.9625662
#> 402 0.9784910
#> 403 1.0166140
#> 404 0.7952181
#> 405 1.1182754
#> 406 0.7753376
#> 407 0.7712244
#> 408 0.9222890
#> 409 0.8028644
#> 410 0.8011525
#> 411 0.9585218
#> 412 0.9339443
#> 413 1.1642319
#> 414 1.5150828
#> 415 0.8182503
#> 416 0.9191305
#> 417 0.7544991
#> 418 0.8076433
#> 419 1.0014406
#> 420 0.8679152
#> 421 1.2466021
#> 422 1.1856414
#> 423 1.2867826
#> 424 0.8226394
#> 425 1.0524945
#> 426 0.8842178
#> 427 0.6228369
#> 428 1.2400678
#> 429 1.2466021
#> 430 1.2780290
#> 431 0.9417056
#> 432 0.9634373
#> 433 0.9691720
#> 434 0.7137928
#> 435 0.9940226
#> 436 0.7281793
#> 437 0.5341017
#> 438 0.7360800
#> 439 1.1295711
#> 440 1.1182754
#> 441 0.8076433
#> 442 0.8835756
#> 443 1.1521625
#> 444 1.0005622
#> 445 0.8835756
#> 446 1.1596930
#> 447 1.0650242
#> 448 0.8427583
#> 449 0.8946203
#> 450 1.2600286
#> 451 1.2130445
#> 452 1.1331857
#> 453 0.8835756
#> 454 1.1804018
#> 455 0.6833905
#> 456 0.7936148
#> 457 1.1618446
#> 458 1.2780290
#> 459 0.8239924
#> 460 1.1010712
#> 461 0.9505341
#> 462 1.1037523
#> 463 1.2255073
#> 464 1.0572786
#> 465 0.9855986
#> 466 0.8828490
#> 467 1.1010712
#> 468 0.8339681
#> 469 1.1596930
#> 470 0.8946203
#> 471 1.1521625
#> 472 0.8565514
#> 473 1.1182754
#> 474 1.1182754
#> 475 0.8622846
#> 476 0.7595833
#> 477 0.9804058
#> 478 0.8419956
#> 479 1.3279520
#> 480 0.7343898
#> 481 0.9867136
#> 482 1.0880517
#> 483 0.9175593
#> 484 0.8011525
#> 485 0.9191305
#> 486 0.7551990
#> 487 1.1840563
#> 488 0.8946203
#> 489 0.7235900
#> 490 0.8387065
#> 491 0.6390145
#> 492 1.1618446
#> 493 0.9472450
#> 494 0.9191305
#> 495 0.9075858
#> 496 0.8946203
#> 497 1.0005622
#> 498 1.0758092
#> 499 1.3156181
#> 500 0.8427583
#> 501 1.5716303
#> 502 1.1340257
#> 503 1.1668961
#> 504 1.1741892
#> 505 0.7551990
#> 506 0.9417056
#> 507 0.6193525
#> 508 1.0986565
#> 509 0.8740543
#> 510 0.8190186
#> 511 0.7927015
#> 512 1.2001004
#> 513 0.5920281
#> 514 0.7455169
#> 515 1.2395342
#> 516 1.0276044
#> 517 0.8820200
#> 518 1.0910004
#> 519 1.0561490
#> 520 0.9585218
#> 521 1.1648702
#> 522 0.9671571
#> 523 0.9940226
#> 524 0.9175593
#> 525 0.7987681
#> 526 0.8200686
#> 527 0.9417056
#> 528 1.0322542
#> 529 1.0456601
#> 530 0.8182503
#> 531 1.1771320
#> 532 0.9784910
#> 533 1.0650242
#> 534 0.8132912
#> 535 1.0266135
#> 536 1.2425282
#> 537 0.4005763
#> 538 1.0372409
#> 539 0.8462625
#> 540 0.9585218
#> 541 1.2659721
#> 542 0.9882434
#> 543 0.9867136
#> 544 0.8132912
#> 545 0.9940226
#> 546 1.0623616
#> 547 1.0863247
#> 548 0.9387991
#> 549 1.1668961
#> 550 1.1324308
#> 551 0.9940226
#> 552 0.8349790
#> 553 0.8387065
#> 554 1.0224232
#> 555 1.1051192
#> 556 1.3003202
#> 557 0.9462330
#> 558 0.6833905
#> 559 1.0843883
#> 560 1.1311291
#> 561 1.1182754
#> 562 0.9318962
#> 563 1.0594188
#> 564 1.1771320
#> 565 0.8483468
#> 566 1.0456601
#> 567 0.9804058
#> 568 1.0843883
#> 569 1.0922690
#> 570 1.1559701
#> 571 1.1698881
#> 572 0.9085988
#> 573 0.9379084
#> 574 1.3480580
#> 575 1.0524945
#> 576 1.1349661
#> 577 1.2359886
#> 578 1.0100552
#> 579 0.6676271
#> 580 1.3667810
#> 581 0.8132912
#> 582 0.8239924
#> 583 0.6930157
#> 584 1.1732725
#> 585 1.1502261
#> 586 1.1182754
#> 587 1.0166140
#> 588 0.7810177
#> 589 0.6626817
#> 590 0.6733701
#> 591 1.0201811
#> 592 0.8356344
#> 593 0.7668174
#> 594 1.2780290
#> 595 0.7779307
#> 596 1.1182754
#> 597 1.2017288
#> 598 0.6523273
#> 599 0.9209327
#> 600 0.6390145
#> 601 0.9294756
#> 602 0.9940226
#> 603 0.8740543
#> 604 0.8520193
#> 605 1.0210341
#> 606 0.8946203
#> 607 0.8632301
#> 608 0.7367461
#> 609 0.9462330
#> 610 1.0843883
#> 611 1.1928271
#> 612 1.6179304
#> 613 1.1771320
#> 614 1.6103166
#> 615 1.4687796
#> 616 1.1360258
#> 617 1.5655855
#> 618 0.6390145
#> 619 1.1442818
#> 620 1.2888598
#> 621 1.0999430
#> 622 1.6981219
#> 623 1.8775982
#> 624 0.6057325
#> 625 0.8751720
#> 626 0.7839456
#> 627 1.0250858
#> 628 0.8728003
#> 629 0.8041531
#> 630 0.5857633
#> 631 1.3103025
#> 632 0.6514226
#> 633 0.7893709
#> 634 0.6733701
#> 635 0.8419956
#> 636 0.5834480
#> 637 0.8239924
#> 638 0.6591939
#> 639 0.9819003
#> 640 0.5907870
#> 641 0.6390145
#> 642 0.9119916
#> 643 0.8387065
#> 644 0.6560549
#> 645 0.6482756
#> 646 0.5228301
#> 647 0.8544127
#> 648 0.7455169
#> 649 0.5314576
#> 650 0.6709652
#> 651 0.7893709
#> 652 0.8419956
#> 653 0.7651358
#> 654 0.4862067
#> 655 0.6740290
#> 656 0.5662154
#> 657 0.9619573
#> 658 0.8946203
#> 659 0.9724134
#> 660 0.9036569
#> 661 1.0922690
#> 662 0.7036340
#> 663 1.0166140
#> 664 1.1618446
#> 665 0.6688750
#> 666 1.0456601
#> 667 0.8132912
#> 668 0.8089652
#> 669 0.6846584
#> 670 1.0880517
#> 671 0.7455169
#> 672 0.7214680
#> 673 1.1324308
#> 674 0.7281793
#> 675 1.0364504
#> 676 0.7952181
#> 677 0.6989221
#> 678 1.0922690
#> 679 0.6000502
#> 680 0.6591939
#> 681 0.5964135
#> 682 0.9036569
#> 683 1.6035647
#> 684 1.0524945
#> 685 0.6461147
#> 686 0.9443214
#> 687 0.8462625
#> 688 0.9149526
#> 689 1.1612860
#> 690 1.0606323
#> 691 0.9998698
#> 692 0.8076433
#> 693 0.7268790
#> 694 0.6456023
#> 695 0.8946203
#> 696 1.0364504
#> 697 0.5262472
#> 698 1.8339716
#> 699 0.8051583
#> 700 0.7137928
#> 701 0.9417056
#> 702 0.8414746
#> 703 0.5809223
#> 704 0.8094184
#> 705 0.6729445
#> 706 0.8622846
#> 707 0.8182503
#> 708 0.5857633
#> 709 0.8622846
#> 710 0.9505341
#> 711 1.5603843
#> 712 0.5734746
#> 713 0.9830992
#> 714 0.9517237
#> 715 0.9724134
#> 716 0.9450215
#> 717 0.8842178
#> 718 0.6390145
#> 719 0.6325598
#> 720 0.5898595
#> 721 0.8835756
#> 722 0.7455169
#> 723 0.6922657
#> 724 0.4970113
#> 725 0.6751851
#> 726 0.8182503
#> 727 0.6948507
#> 728 0.6390145
#> 729 0.9059446
#> 730 0.6709652
#> 731 0.9339443
#> 732 0.8283521
#> 733 0.7455169
#> 734 0.7116298
#> 735 0.9549318
#> 736 0.9318962
#> 737 0.8041531
#> 738 0.8132912
#> 739 1.0364504
#> 740 1.0005622
#> 741 0.8215901
#> 742 0.8708693
#> 743 0.7544991
#> 744 1.7282438
#> 745 0.9393513
#> 746 0.7378312
#> 747 0.6004163
#> 748 0.6922657
#> 749 1.4721600
#> 750 0.9046722
#> 751 0.9352849
#> 752 0.5964135
#> 753 0.6917167
#> 754 0.7839456
#> 755 0.6841214
#> 756 1.2199368
#> 757 1.8596040
#> 758 0.7779307
#> 759 0.5885660
#> 760 0.9517237
#> 761 1.0581531
#> 762 0.5898595
#> 763 0.9998698
#> 764 0.7253678
#> 765 1.0100552
#> 766 1.2860167
#> 767 0.8226394
#> 768 0.6740290
#> 769 0.8946203
#> [ reached 'max' / getOption("max.print") -- omitted 3843 rows ]
#>
#estimate purity based sole on a smaple ID + added seg data.
estimate_purity(this_sample_id = "HTMCP-01-06-00422-01A-01D",
show_plots = TRUE, coding_only = TRUE)
#> trying to find output from: battenberg
#> looking for flatfile: /projects/nhl_meta_analysis_scratch/gambl/results_local/gambl/battenberg_current/99-outputs/seg/genome--projection/HTMCP-01-06-00422-01A-01D--HTMCP-01-06-00422-10A-01D--matched.battenberg.grch37.seg
#> $VAF_plot
#> `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
#>
#> $Purity_plot
#> `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
#>
#> $sample_purity_estimation
#> [1] 0.4483024
#>
#> $CN_final
#> Hugo_Symbol Chrom_pos Chromosome Start_Position End_Position
#> 1 BTG2 1:203274877 1 203274877 203274877
#> 2 BTG2 1:203274883 1 203274883 203274883
#> 3 DUSP2 2:96809892 2 96809892 96809892
#> 4 USP38 4:144135996 4 144135996 144135996
#> 5 DDX60 4:169195215 4 169195215 169195215
#> 6 ZFR 5:32417803 5 32417803 32417803
#> 7 HIST1H1E 6:26157109 6 26157109 26157109
#> 8 HIST1H4H 6:26285627 6 26285627 26285627
#> 9 PIM1 6:37138549 6 37138549 37138549
#> 10 MYO6 6:76602374 6 76602374 76602374
#> 11 ADGB 6:147090183 6 147090183 147090183
#> 12 MEOX2 7:15652211 7 15652211 15652211
#> 13 SAMD9L 7:92763210 7 92763210 92763210
#> 14 MUC12 7:100635711 7 100635711 100635711
#> 15 CYB561A3 11:61118471 11 61118471 61118471
#> 16 B4GALNT3 12:661271 12 661271 661272
#> 17 RERGL 12:18237497 12 18237497 18237497
#> 18 SLCO1A2 12:21453503 12 21453503 21453503
#> 19 HECTD4 12:112746674 12 112746674 112746674
#> 20 KIAA0226L 13:46961263 13 46961263 46961263
#> 21 ZFP36L1 14:69257090 14 69257090 69257090
#> 22 ZFP36L1 14:69259603 14 69259603 69259603
#> 23 IGHG2 14:106109960 14 106109960 106109960
#> 24 IGHG2 14:106110428 14 106110428 106110428
#> 25 IGHG2 14:106110883 14 106110883 106110883
#> 26 IGHG1 14:106208502 14 106208502 106208502
#> 27 IGHV1-8 14:106539389 14 106539389 106539389
#> 28 SCNN1G 16:23200859 16 23200859 23200859
#> 29 SNPH 20:1285578 20 1285578 1285578
#> 30 LZTS3 20:3147779 20 3147779 3147779
#> 31 TRPM1 15:31319180 15 31319180 31319180
#> 32 C17orf77 17:72588641 17 72588641 72588641
#> 33 RP11-1055B8.7 17:79430805 17 79430805 79430805
#> 34 CLPP 19:6361633 19 6361633 6361633
#> 35 ACTR5 20:37378710 20 37378710 37378710
#> 36 RAX 18:56936659 18 56936659 56936659
#> 37 BOC 3:112993366 3 112993366 112993366
#> 38 USP13 3:179499554 3 179499554 179499554
#> t_ref_count t_alt_count CN VAF Ploidy Purity CCF_mutation
#> 1 78 26 2 0.2500000 1 0.5000000 0.8020833
#> 2 79 26 2 0.2476190 1 0.4952381 0.7944444
#> 3 67 15 2 0.1829268 1 0.3658537 0.5868902
#> 4 63 15 2 0.1923077 1 0.3846154 0.6169872
#> 5 60 19 2 0.2405063 1 0.4810127 0.7716245
#> 6 54 21 2 0.2800000 1 0.5600000 0.8983333
#> 7 63 15 2 0.1923077 1 0.3846154 0.6169872
#> 8 64 12 2 0.1578947 1 0.3157895 0.5065789
#> 9 60 17 2 0.2207792 1 0.4415584 0.7083333
#> 10 67 15 2 0.1829268 1 0.3658537 0.5868902
#> 11 59 18 2 0.2337662 1 0.4675325 0.7500000
#> 12 51 19 2 0.2714286 1 0.5428571 0.8708333
#> 13 41 16 2 0.2807018 1 0.5614035 0.9005848
#> 14 71 19 2 0.2111111 1 0.4222222 0.6773148
#> 15 46 18 2 0.2812500 1 0.5625000 0.9023438
#> 16 59 17 2 0.2236842 1 0.4473684 0.7176535
#> 17 54 15 2 0.2173913 1 0.4347826 0.6974638
#> 18 55 16 2 0.2253521 1 0.4507042 0.7230047
#> 19 67 11 2 0.1410256 1 0.2820513 0.4524573
#> 20 53 20 2 0.2739726 1 0.5479452 0.8789954
#> 21 60 16 2 0.2105263 1 0.4210526 0.6754386
#> 22 71 17 2 0.1931818 1 0.3863636 0.6197917
#> 23 53 24 2 0.3116883 1 0.6233766 1.0000000
#> 24 62 21 2 0.2530120 1 0.5060241 0.8117470
#> 25 63 17 2 0.2125000 1 0.4250000 0.6817708
#> 26 61 15 2 0.1973684 1 0.3947368 0.6332237
#> 27 60 13 2 0.1780822 1 0.3561644 0.5713470
#> 28 68 18 2 0.2093023 1 0.4186047 0.6715116
#> 29 56 16 2 0.2222222 1 0.4444444 0.7129630
#> 30 65 24 2 0.2696629 1 0.5393258 0.8651685
#> 31 53 11 2 0.1718750 1 0.3437500 0.5514323
#> 32 72 19 2 0.2087912 1 0.4175824 0.6698718
#> 33 68 21 2 0.2359551 1 0.4719101 0.7570225
#> 34 80 29 2 0.2660550 1 0.5321101 0.8535933
#> 35 44 19 1 0.3015873 1 0.3015873 0.4837963
#> 36 104 31 4 0.2296296 2 0.4592593 0.7367284
#> 37 70 28 3 0.2857143 2 0.4285714 0.6875000
#> 38 71 16 3 0.1839080 1 0.5517241 0.8850575
#> CCF_sample
#> 1 1.1153186
#> 2 1.1046965
#> 3 0.8160867
#> 4 0.8579373
#> 5 1.0729647
#> 6 1.2491568
#> 7 0.8579373
#> 8 0.7044117
#> 9 0.9849566
#> 10 0.8160867
#> 11 1.0428953
#> 12 1.2109173
#> 13 1.2522875
#> 14 0.9418246
#> 15 1.2547334
#> 16 0.9979166
#> 17 0.9698422
#> 18 1.0053576
#> 19 0.6291541
#> 20 1.2222669
#> 21 0.9392156
#> 22 0.8618371
#> 23 1.3905270
#> 24 1.1287561
#> 25 0.9480208
#> 26 0.8805146
#> 27 0.7944735
#> 28 0.9337551
#> 29 0.9913943
#> 30 1.2030402
#> 31 0.7667815
#> 32 0.9314748
#> 33 1.0526602
#> 34 1.1869445
#> 35 0.6727318
#> 36 1.0244407
#> 37 0.9559873
#> 38 1.2306963
#>